Val av multiplex realtids-PCR gällandes Cryptosporidium spp.

Majoriteten av fallen av cryptosporidios i Sverige orsakas av C. parvum följt av C. homnins. Vissa kommersiella multiplex realtids-PCR metoder är designade för att detektera just C. parvum och C. homnis samt andra genetiskt närbesläktade arter. Arter genetisk olika C. parvum och C. hominis detekteras inte med vissa metoder. En studie av Autier et al. jämförde tre olika kommersiella realtids-PCR metoder och rapporterade att endast en av tre metoder kunde detektera C. canis och C. felis (hund respektive katt som huvudsakliga värddjur), två arter som är genetiskt olika C. parvum och C. hominis. Av erfarenhet på Folkhälsomyndigheten vet vi att vissa kommersiella kit inte heller detekterar Cryptosporidium chipmunk genotype I. Inhemsk infektion med Cryptosporidium chipmunk genotype I, vars huvudsakliga värddjur är ekorrar, har fram till 2020 ökat årligen. Genom Folkhälsomyndighetens mikrobiologiska övervakningsprogram detekterades 8 fall 2018, 12 fall 2019 och 23 fall 2020. År 2020 var infektion med Cryptosporidium chipmunk genotype I den andra vanligaste orsaken till cryptosporidios i Sverige efter infektion med C. parvum (Bujila et al.).

Folkhälsomyndigheten föreslår att negativt PCR-resultat vid fortsatt misstanke om cryptosporidios bör bekräftas med mikroskopi alternativt med annan realtids-PCR metod (kan t.ex. skickas till Folkhälsomyndigheten för verifiering) vid användning av en metod som inte detekterar alla Cryptosporidium spp. Folkhälsomyndigheten kan även erbjuda en DNA-panel för utvärdering av metoder för påvisning av ovanligare Cryptosporidium spp.

För mer information om typningsresultat inom det mikrobiella övervakningsprogrammet för Cryptosporidium finns årliga rapporter tillgängliga på: Övervakning av cryptosporidium (Folkhälsomyndigheten)

Kontakt

Ioana Bujila
Nationellt referenslaboratorium för parasiter
ioana.bujila@folkhalsomyndigheten.se
010-205 22 87