Sekvenering av NRL vid HPV screeningnegativ cervixcancer

HPV är den viktigaste orsaken till livmoderhalscancer och allmän screening mot HPV är rekommenderat. De flesta HPV-tester riktar sig mot en konserverad region i HPV-genomet (L1), medan 2 andra gener (E6 och E7) är de viktigaste i genomet för onkogen transformation. Vid tidigare nationell HPV-typning av alla cervixcancerfall i landet under en 10-årsperiod (1) befanns att cirka 3% av livmoderhalscancer innehöll HPV E6/E7 men saknade L1-regionen.

Det nationella referenslaboratoriet erbjuder avancerad analys med bl.a. totalsekvenering av cervixtumörer om dessa skulle vara HPV-negativa vid rutinmässig HPV-testning. Ett sådant fall beskrivs här.

Kvinna med mycket snabbt växande cervixcancer. Både cellprov taget innan cancern och en formalinfixerad klots (FFPE) av tumören skickades från Unilabs i Sunderbyn till Nationella Referenslaboratoriet för HPV för analys. Tumören var HPV-negativ vid rutinmässig analys av HPV, riktad mot L1-regionen.

cDNA bibliotek prepareras för totalsekvensering av proven på NextSeq (Illumina). Tumören är positiv för HPV56 i sekvensering men bara för regionerna E1, E6 och E7. L1 regionen som de flesta tester riktar sig mot saknas helt. Sekvenseringen av cellprovet taget innan cancern identifierade också HPV56, men bara E6/E7 regionen fanns kvar.

Screeningprogrammet är inriktat på att hitta och behandla förstadier till livmoderhalscancer innan de utvecklas till cancer och förstadierna är rutinmässigt positiva för hela HPV-genomet och kan således påvisas av HPV-tester, oavsett vilken region de riktar sig mot. Men för en liten del av invasiva tumörer kan alltså delar av HPV-genomet saknas.

Camilla Lagheden
Joakim Dillner
SLIM NRL för HPV
Center för Cervical Cancer Prevention, Karolinska Universitetssjukhuset

(1) Nationwide comprehensive human papillomavirus (HPV) genotyping of invasive cervical cancer. Lagheden et al, Br J Cancer. 2018 May;118(10):1377-1381