Nationella referenslaboratorier för antibiotikaresistens

Ansvarigt laboratorium

Klinisk mikrobiologi för Kronoberg och Blekinge

• Klinisk mikrobiologi för Kronoberg och Blekinge (KmKB)
• Verksamhetschef: Oskar Ekelund

Kompletterande laboratorier

Medicinsk Diagnostik Karolinska

• Medicinsk enhet: Klinisk mikrobiologi
• Verksamhetschef: Annika Tiveljung Lindell

Folkhälsomyndigheten

• Avdelningen för mikrobiologi
• Avdelningschef: Sara Byfors

Fördelning av uppdrag

Klinisk mikrobiologi Kronoberg och Blekinge (KmKB) ansvarar för fenotypisk resistensbestämning av bakterier med referensmetoderna buljongspädning för MIC-bestämning och lappdiffusion enligt EUCAST samt för agarspädning av fosfomycin. Laboratoriet är också ansvarigt för metodutveckling av metoder rekommenderade av EUCAST (”EUCAST Development Laboratory, ”EDL”).

Medicinsk Diagnostik Karolinska ansvarar för agarspädning för MIC-bestämning framför allt mot anaeroba bakterier.

Folkhälsomyndigheten ansvarar för genotypisk resistenskaraktärisering med helgenomsekvensering.

Vid frågor kontaktas huvudansvarigt NRL, om det inte är tydligt att frågan hanterades av kompletterande NRL.

Kontaktuppgifter och tillgänglighet

Klinisk mikrobiologi Kronoberg och Blekinge

Referensfunktioner nås genom laboratoriets ordinarie kontaktvägar för läkarkonsultation:

• Klinisk mikrobiologi för Kronoberg och Blekinge (mikrobiologi.org)

Kontaktuppgifter till EDL:s personal:

• Nordic Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (nordicast.org)
• The European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (eucast.org)

Ledare av NRL: Gunnar Kahlmeter, överläkare samt Erika Matuschek, mikrobiolog.

Medicinsk Diagnostik Karolinska

Referensfunktioner nås genom laboratoriets ordinarie kontaktvägar för läkarkonsultation.

Kontakt med Klinisk Mikrobiologi (karolinska.se)

Ledare av NRL: Christian Giske, professor, överläkare, ordförande för EUCAST.

Folkhälsomyndigheten

Referensfunktioner nås genom laboratoriets ordinarie kontaktvägar för läkarkonsultation.

Kundtjänst mikrobiologi (folkhalsomyndigheten.se)

Vid brådskande behov utanför kontorstid kan fråga anmälas till KMiB, på telefon 010-205 24 00, för vidareförmedling till NRL med svar under kontorstid.

Ledare av NRL: Inga Fröding, överläkare, utredare.

Referensdiagnostik

(a) Inskick av orena isolat kan förlänga svarstiden och öka arbetsbelastning och kostnad.

Avgifter enligt avtal 2019-01-01 har uppdaterats 2022-04-29. Avgifter kan årligen höjas motsvarande landstingsindex/ konsumentprisindex (LPI/KPI), eller vid behov högre efter förankring i SLIM styrgrupp.

Telefonsvar på begäran för akuta fall. Centrallasarettet utsvarar elektroniskt inom länet och på papper till övriga avnämare. Karolinska Universitetslaboratoriet skickar svar elektroniskt eller på papper; om elektroniskt svar ska skickas måste mottagande enhet vara anknuten till laboratoriedatasystemet.

Folkhälsomyndigheten svarar ut på papper eller elektroniskt via LabPortalen.

LabPortalen/eRemiss (infosolutions.se)

Klinisk mikrobiologi Kronoberg och Blekinge (KmKB)

Referensdiagnostik erbjuds i form av resistensbestämning med buljongspädning kalibrerad till aktuell ISO-standard och lappdiffusion med EUCAST standardiserade metod. Särskilda paneler finns för Enterobacterales, Stafylokocker, Haemophilus etc. Ibland använder laboratoriet efter överenskommelse flera paneler för att lösa ett svårt problem. Kostnaden kan därför variera. Svarstiden är vanligtvis 2–3 dagar men komplicerade uppdrag med ett flertal paneler kan ta längre tid. Utbud och priser framgår på sidan: Referenslaboratorium (mikrobiologi.org)

Laboratoriet erbjuder MIC-bestämning med buljongspädningsteknik (ackrediterad referensmetodik) samt resistensbestämning med lappdiffusionsteknik (ackrediterad referensmetodik) av kliniskt relevanta bakterier mot alla kliniskt relevanta antibiotika. Laboratoriet erbjuder även MIC-bestämning med agarspädning för fosfomycin (ackrediterad referensmetodik).

Medicinsk Diagnostik Karolinska

MIC-bestämning med agarspädningsteknik (internationell referensmetodik) av kliniskt relevanta bakterier mot kliniskt relevanta antibiotika. De medel vi har tillgängligt kontinuerligt är metronidazol, meropenem, piperacillin-tazobactam, bensylpenicillin och klindamycin.

Folkhälsomyndigheten

Helgenomsekvensering och analys av helgenomdata för genotypisk resistenskaraktärisering. Vid förekomst av ovanliga resistensfenotyper kommer genetisk karaktärisering ske utifrån bedömning av dess konsekvens och ske inom ramen för den nationella mikrobiella övervakningen och då utan avgift för insändande laboratorium.

Myndigheten är ackrediterad för resistensgenspåvisning för Enterococcus faecium och faecalis och kommer inom en snar framtid att söka ackreditering för fler analyser. Myndigheten kan även ta emot sekvensdata från andra laboratorier för analys. De mjukvaror och databaser som behövs för analys av ett antal olika frågeställningar finns uppsatta på myndigheten. De egenutvecklade mjukvarorna identifierar inte bara själva genen som ger upphov till resistensen utan även mutationer i gener som kodar för strukturer (till exempel protonpumpar) som har effekt på bakteriens resistens. För övriga bakterier utför vi artidentifiering och matchning mot databaserna ResFinder och Plasmidfinder.

Smittämnen som i dag analyseras med WGS där det finns artspecifik mjukvara utvecklad för mappning till etablerade typningssystem (exempelvis resistens- och virulensmarkörer, serotyper, MLST mm) med tillhörande referensdatabas finns listade under uppdragsbeskrivning för NRL för "Epidemiologisk typning av bakterier".

Referensmaterial

Rekommenderade referensstammar tillhörande ackrediterade kollektioner (ATCC, NTCC, CCUG, m fl) beställs av användarna direkt från kuratorn för respektive kollektion.

Klinisk mikrobiologi Kronoberg och Blekinge

Karakteriserade kliniska isolat med speciella resistensmekanismer och/eller fastställda MIC-värden kan, under särskilda omständigheter (resistensens stabilitet, ägandeförhållande mm) tillhandahållas efter överenskommelse och då till självkostnadspris (500-1 000 kr per isolat).

Medicinsk Diagnostik Karolinska

Referenskollektion av bakterier med kända resistensmekanismer och/eller fastställda MIC-värden är under uppbyggnad och kan, under särskilda omständigheter (stabilitet, ägandeförhållande mm) tillhandahållas till självkostnadspris.

Folkhälsomyndigheten

Bakterier med kända resistensmekanismer och/eller fastställda MIC-värden kan, under särskilda omständigheter (stabilitet, ägandeförhållande mm) tillhandahållas till självkostnadspris. Vid fynd av nya varianter av resistensgener kommer dessa tillgängliggöras genom publika databaser.

Expertstöd

Klinisk mikrobiologi Kronoberg och Blekinge

Laboratoriet tillhandahåller probleminventering inom området fenotypisk resistensbestämning (problemlösning för laboratorier med problem inom området resistensbestämning med fenotypiska metoder).

KmKB meddelar råd till både kliniska kolleger och laboratoriepersonal inom området antibiotika och resistensbestämning. Vi är behjälpliga i metodologisk felsökning och vi åtar oss att testa material (plattor, antibiotikalappar mm) där man misstänker kvalitetsbrister i tillverkning, lagring mm.

KmKB organiserar återkommande kurser i fenotypisk resistensbestämning för laboratoriepersonal. Kostnad för kurser erbjuds till självkostnadspris. Information om teoretisk och praktisk utbildning i EUCASTs lappdiffusionsmetoddessa finns på deras webbplats. Laboratoriet tar också kostnadsfritt emot läkare, mikrobiologer och BMA för 1–14 dagars upplärning i resistensbestämningstekniker.

NordicAST Webinars (nordicast.org)

Medicinsk Diagnostik Karolinska

Laboratoriet tillhandahåller probleminventering inom området fenotypisk resistensbestämning (problemlösning för laboratorier med problem inom området resistensbestämning med fenotypiska metoder).

MDK meddelar råd till både kliniska kolleger och laboratoriepersonal inom området antibiotika och resistensbestämning. Vi är behjälpliga med att verifiera ovanliga resistenser och kommer bygga upp kompetens även för att påvisa viktiga resistensmekanismer. Bakteriologisk kompetens på överläkarnivå finns alltid tillgänglig under laboratoriets öppettider och expertkompetens på antibiotikaresistens (ej begränsat till anaerober) finns i allmänhet tillgänglig vid behov av akut/halvakut konsultation. Laboratoriet har även öppet på helger och har alltid läkarbemanning.

Folkhälsomyndigheten

Myndigheten kan bistå landets hälso- och sjukvård med expertstöd med analyser av sekvensdata för genotypisk resistenskaraktärisering, oberoende av sekvenseringsplattform. Detta innefattar påvisning av resistensgener, bestämning av resistensmutationer, utredning av resistensmekanismer, och hantering och uppdatering av databaser. Myndigheten hanterar även identifiering och karaktärisering av nyupptäckta resistensgener, mekanismer och mutationer.

Utveckling och samverkan

Klinisk mikrobiologi Kronoberg och Blekinge (KmKB)

EDL är ansvarigt för ett globalt nätverk av laboratorier med specialkunskap inom området resistensbestämning. Noderna i nätverket har särskilda kunskaper och är ofta specialiserade på ett område (agarspädningsmetod, Listeria monocytogenes, anaeroba bakterier, Neisseria gonorrhoeae etc).

EDL samverkar med flera organisationer i världen, exempelvis Clinical and Laboratory Standards Institute, CLSI (USA), för att utarbeta och vidmakthålla referensområden för typstammar med och utan definierade resistensmekanismer. Ett bra exempel är framtagandet av en särskild referensstam för säkrandet av resistensbestämning av kolistin. Detta gjordes i samverkan med The Public Health Laboratory (Colindale), London.

EUCAST Quality Control (eucast.org)

Tillsammans med EDL bevakar vi metodologiska problem. Vi publicerar på EUCASTs och NordicASTs hemsidor varningar och annan information om tester eller material som av olika skäl inte bör användas. På EDL pågår konstant arbete med utveckling av nya metoder och förbättringar av befintliga metoder. På laboratoriers vägnar, kommunicerar vi med leverantörer om undermåliga produkter. Vi samverkar med både andra referenslaboratorier samt laboratorier inom klinisk mikrobiologi i olika projekt. Vi uppdaterar årligen nordiska laboratorier på NordicASTs workshop.

Medicinsk Diagnostik Karolinska

Genom vårt deltagande i olika nationella och internationella nätverk kommer vi bedriva omvärldsbevakning och diskussioner om diagnostiska behov. Giske har en stor möjlighet att följa detta genom den samordnande rollen som ordförande för EUCAST. Specifikt samverkar vi med Avdelningen för klinisk mikrobiologi i Odense, Växjö, och Cardiff om att utveckla resistensbestämningsmetodik för anaerober. Vi kommer bl a jobba med fenotypiska tester och långsiktiga anpassningar av agarspädningsmetoden för att göra den mer tillgänglig för andra rutinlaboratorier och därigenom öka kvaliteten i resistensbestämning av anaerober.

Folkhälsomyndigheten

Myndigheten utför redan idag utveckling och validering av nya analyser när ett nationellt behov föreligger. Kunskapsbasen inom analys och tolkning av sekvenseringsresultat utvecklas kontinuerligt genom våra nationella övervakningsprogram, nationella studier, och deltagande i nationella och internationella nätverk. Myndigheten har en viktig roll inom nationell samverkan kring genotypisk resistenskaraktärisering med helgenomsekvensering, och deltar också i ett stort antal internationella samverkansgrupper.

Omvärldsbevakning och beredskap

Klinisk mikrobiologi Kronoberg och Blekinge (KmKB)

KmKB och EDL har, eftersom man driver den internationella utvecklingen och valideringen av fenotypisk resistensbestämning, en självklar omvärldsbevakning inom området. KmKB har alltid en medlem i EUCAST Steering Committee, två personer är adjungerade till NordicAST (den Nordiska metodgruppen inom resistensbestämning) och en person är medlem i CLSI:s arbetsgrupp i kvalitetskontroll inom resistensbestämning.

Medicinsk Diagnostik Karolinska

Klinisk mikrobiologi har genom Giskes centrala plats i europeisk mikrobiologi en självklar bevakning av aktivitet på området. MDK har för närvarande en representant i EUCAST Steering Committee, en person i NordicAST (den Nordiska metodgruppen inom resistensbestämning) och en person som är rådgivare för CLSI, inklusive Working group for anaerobes.

Folkhälsomyndigheten

Databaser över genetiska resistensmarkörer och mjukvaror som används för att analysera sekvenseringsdata uppdateras kontinuerligt genom strukturerad omvärldsbevakning. De mikrobiella övervakningsprogrammen är en viktig plattform för att upptäcka nationell spridning av resistenta bakterier. Myndigheten utför kontinuerlig omvärldsbevakning för att säkerställa att nyupptäckta resistensmekanismer ingår i analyserna som utför på myndigheten.