Nationellt referenslaboratorium för epidemiologisk typning av bakterier (specialtekniker vid smittspridning etc.)
Här finns information om analyser, svarstider, avgifter och uppdragsbeskrivning.
Ansvarigt laboratorium
Folkhälsomyndigheten
- Avdelningen för mikrobiologi
- Avdelningschef: Sara Byfors
Kontaktuppgifter och tillgänglighet
Referensfunktioner nås genom laboratoriets ordinarie kontaktvägar för läkarkonsultation.
Kundtjänst mikrobiologi (folkhalsomyndigheten.se)
Vid brådskande behov utanför kontorstid kan fråga anmälas till KMiB, på telefon 010-205 24 00, för vidareförmedling till NRL med svar under kontorstid.
Ledare av NRL: Kristina Rizzardi, molekylärbiolog, utredare.
Referensdiagnostik
Epidemiologisk typning av bakterier erbjuds dels genom sedan länge etablerade konventionella metoder och dels genom helgenomsekvensering (WGS) med massiv parallellsekvensering (NGS). Där WGS bedöms som bättre eller likvärdig ersättare av tidigare konventionella typningsmetoder har de senare helt ersatts av WGS.
Helgenomsekvensering och analys av helgenomdata från bakterier utförs rutinmässigt två gånger i veckan, med en svarstid på cirka 5-10 dagar. Analyskostnaden täcker reagenser, arbetstid, lokaler, och hård- och mjukvara för bioinformatisk analys. Metoderna är automatiserade och skalbara för att möjliggöra större provgenomflöden vid behov. Myndigheten är ackrediterad för helgenomsekvensering av Listeria monocytogenes, Mycobacterium tuberculosis, Enterococcus faecium och Enterococcus faecalis.
Analyskatalog – Mikrobiologiska analyser och tjänster (folkhalsomyndigheten.se)
Myndigheten utför även odling och extraktion för olika bakterier och kan därmed ta emot både bakteriestammar och extraherad nukleinsyra (se tabell nedan). Myndigheten kan även ta emot data sekvenserad på andra laboratorier för analys. De mjukvaror och databaser som behövs för analys av ett antal olika arter finns uppsatta på myndigheten, se övrigt nedan under punkt 16. Prisuppgift för endast nyttjande av mjukvara för artspecifik analys samt SNP-analys kan erhållas genom kontakt med NRL.
| Analys | Svarstid | Avgift |
|---|---|---|
| Haemophilus influenzae, serotypning | Ca 1 vecka | 2 390 kr (a) |
| Shigella spp, serotypning | 1 vecka | 1 570 kr |
| Staphylococcus aureus, spa-typning och PVL-detektion | 5-10 dagar | 820 kr (a) |
| Streptococcus pneumoniae, serotypning (ackrediterad) | 5-10 dagar | 1 510 kr (a) |
| Streptococcus pyogenes grupp A, emm-typning (ackrediterad) | 5-10 dagar | 1 220 kr |
| Legionella spp, molekylär sekvensbaserad (SBT) typning från DNA-eluat | 5-10 dagar | 2 005 kr (a) |
(a) Analyser inom ramen för det nationella övervakningsprogrammet utförs avgiftsfritt. Läs mer om Mikrobiella och immunologiska övervakningsprogram (folkhalsomyndigheten.se)
Smittämnen som i dag analyseras med WGS följt av SNP-analys samt etablerade typningssystem (ex resistens- och virulensmarkörer, serotyper, MLST, artbestämning mm) med tillhörande referensdatabas (tabell 2).
| Analys | Ackrediterad | Svarstid | Avgift | Ingår i nationella övervaknings-programmet | Mer information |
|---|---|---|---|---|---|
| Enterococcus (b) | Ja | 5-10 dagar | 2 520 kr | (a) | (c) |
| Mycobacterium tuberculosis (b) | Ja | 14 dagar | 2 520 kr | (a) | – |
| Staphylococcus aureus MRSA (b) | – | 5-10 dagar | 2 520 kr | – | |
| Clostridium difficile (b) | – | 5-10 dagar | 2 520 kr | (a) | – |
| Staphylococcus aureus (b) | – | 5-10 dagar | 2 520 kr | – | |
| E. coli (b) | – | 5-10 dagar | 2 520 kr | (a) | (c) |
| Klebsiella pneumonia (b) | – | 5-10 dagar | 2 520 kr | (a) | (c) |
| Enterobacter (b) | – | 5-10 dagar | 2 520 kr | (a) | (c) |
| Acinetobacter (b) | – | 5-10 dagar | 2 520 kr | (a) | (c) |
| Pseudomonas aeruginosa | 5-10 dagar | 2 520 kr | (a) | (c) | |
| Stenotrophomonas | – | 5-10 dagar | 2 520 kr | (a) | (c) |
| Listeria monocytogenes | Ja | 5-10 dagar | 2 520 kr | (a) | – |
| Salmonella | – | 5-10 dagar | 2 520 kr | (a) | – |
| EHEC/shigella | – | 5-10 dagar | 2 520 kr | (a) | – |
| Haemophilus influenzae | – | 5-10 dagar | 2 520 kr | (a) | – |
| Campylobacter coli och jejuni | – | 5-10 dagar | 2 520 kr | – | |
| Legionella pneumophila, släktskap och SNP-analys (b) | – | 5-10 dagar | 2 520 kr | (a) | – |
(a) Analyser inom ramen för det nationella övervakningsprogrammet utförs avgiftsfritt. Läs mer om Mikrobiella och immunologiska övervakningsprogram (folkhalsomyndigheten.se)
(b) Bakterier som ingår i den lista på vårdhygieniskt relevanta bakterier för epidemiologisk typning som Svensk Förening för Vårdhygien i sin roll som deltagare i referensgrupp till laboratorienätverket framfört.
(c) Mjukvara särskilt anpassad för att utöver släktskapsanalys också påvisa ESBL- och andra relevanta resistensgener.
Smittämnen som i dag analyseras med WGS som endast analyseras för släktskap med SNP-analys (tabell 3).
Alla övriga bakterier (tabell 3) kan analyseras för släktskap för smittspårning och utbrottsanalys under förutsättning att de kan odlas och extraheras på myndigheten eller av annat laboratorium. Släktskapsanalysen, så kallad SNP-analys, baseras på skillnader mellan två eller flera isolat. Även släktskap med på myndigheten tidigare sekvenserade prover kan analyseras. En förutsättning för att kunna bedöma relevansen av likheter/olikheter krävs att ett prov av samma art tidigare har sekvenserats på Fohm, eller att det finns en relevant publicerad helgenomsekvens (till exempel på GenBank) eller att minst två prover skickas in för jämförelse.
| Analys | Svarstid | Avgift | Ingår i nationella övervakningsprogrammet |
|---|---|---|---|
| Streptococcus pyogenes, släktskap och SNP-analys | 5-10 dagar | 2 520 kr | (a) |
| Stafylokocker, koagulasnegativa, släktskap och SNP-analys | 5-10 dagar | 2 520 kr | (a) |
| Alla övriga bakteriearter som kan odlas och extraheras DNA från, släktskap och SNP-analys | 5-10 dagar | 2 520 kr |
(a) Analyser inom ramen för det nationella övervakningsprogrammet utförs avgiftsfritt. Läs mer om Mikrobiella och immunologiska övervakningsprogram (folkhalsomyndigheten.se)
Avgifter enligt avtal 2019-01-01 har uppdaterats 2022-04-29. Dessa kan årligen höjas motsvarande landstingsindex/konsumentprisindex (LPI/KPI), eller vid behov högre efter förankring i SLIM styrgrupp.
Folkhälsomyndigheten svarar ut på papper eller elektroniskt via LabPortalen.
LabPortalen/eRemiss (infosolutions.se)
Referensmaterial
Myndigheten har tillgång till ett stort referensmaterial bestående av helgenomsekvenseringsdata och äldre typningsdata och tillhandahåller dessa mot avgift om sådana inte kan erhållas genom etablerade funktioner för stamkollektioner så som CCUG och ATCC.
Expertstöd
Myndigheten kan bistå landets hälso- och sjukvård med expertstöd inom:
- Sekvenseringsmetodik, inklusive extraktion.
- Allmänna analyser av sekvensdata för smittspårning, oberoende av sekvenseringsplattform.
- Utveckling och underhåll av specifika analyser av sekvensdata för specifika frågeställningar, inklusive utveckling och uppsättning av de mjukvaror och databaser som krävs för detta. Analysmetoderna kan tillgängliggöras via webbportal.
- Tolkning av analysresultat från helgenomsekvensering för olika applikationer.
Utveckling och samverkan
Myndigheten utför vid behov utveckling och validering av nya analyser när ett nationellt behov föreligger. Kunskapsbasen inom analys och tolkning av sekvenseringsresultat utvecklas kontinuerligt genom våra nationella övervakningsprogram, nationella studier, och deltagande i nationella och internationella nätverk. Myndigheten håller och kommer att hålla kurser i helgenomsekvensering och dataanalys samt workshops inom metodologi, analys och tolkning. Myndigheten har en ledande roll inom nationell samverkan kring typning med helgenomsekvensering bland annat genom projektet GENSAM (Gemensam nationell sekvenshantering inom mikrobiologi) där landets kliniska mikrobiologiska laboratorier bjudits till samarbete för att i möjligaste mån verka för en koordinerad och komplett verksamhet inom landet för en optimal och ändamålsenlig utveckling av området. Myndigheten kommer vidare att söka efter möjligheter för att underlätta sekvensöverföring från storskaliga sekvenseringsfaciliteter så som SciLifeLab till befintliga mjukvaror inom ramen för NRL. Myndigheten deltar också i ett stort antal internationella samverkansgrupper kring olika frågeställningar och bakteriearter.
Omvärldsbevakning och beredskap
Myndigheten utför löpande omvärldsbevakning inom teknikområdet helgenomsekvensering för att säkerställa att metodologin som används är ändamålsenlig och uppdaterad. Databaser över genetiska markörer och mjukvaror som används för att analysera sekvenseringsdata uppdateras och kureras kontinuerligt genom strukturerad omvärldsbevakning.
De mikrobiella övervakningsprogrammen är en viktig plattform för att upptäcka nationell smittspridning. Verksamheten vid helgenomsplattformen vid myndigheten möjliggör högre kapacitetsutnyttjande och omprioriteringar vid behov, t.ex. vid större nationella utbrott. Myndigheten har redundant sekvenserings- och bioinformatisk kapacitet med både maskinpark och personalresurser vilket leder till minskad sårbarhet och ökad beredskap vid ökade provvolymer.
Utöver helgenomsekvensering kommer Folkhälsomyndigheten som NRL i dialog med kliniska mikrobiologiska laboratorier liksom intressenter så som Svensk Förening för Vårdhygien och Smittskyddsläkarföreningen bedöma om behov föreligger för att utveckla respektive erbjuda tjänster i form av stöd till andra kliniska mikrobiologiska laboratorier och/eller utförande av analys för alternativa typningsmetoder.