Nationellt referenslaboratorium för övriga bakterier riskklass 3 (Brucella, Burkholderia, Coxiella burnetti, Yersinia pestis)

Här finns information om analyser, svarstider, avgifter och uppdragsbeskrivning.

Ansvarigt laboratorium

Folkhälsomyndigheten

  • Avdelningen för mikrobiologi
  • Avdelningschef: Sara Byfors

Omfattning

Detta NRL inkluderar bakterier riskklass 3 som inte omfattas av annat NRL: Brucella, Burkholderia, Coxiella burnetti, Yersinia pestis.

Kontaktuppgifter och tillgänglighet

Referensfunktioner nås genom laboratoriets ordinarie kontaktvägar för läkarkonsultation.

Kundtjänst mikrobiologi (folkhalsomyndigheten.se)

Vid brådskande behov utanför kontorstid kan fråga anmälas till KMiB, på telefon 010-205 24 00, för vidareförmedling till NRL med svar under kontorstid.

Ledare av NRL: Ryan Terrey, leg. biomedicinsk analytiker.

Referensdiagnostik

Tabell 1 med referensdiagnostik.
Analys Svarstid Avgift
Brucella spp (odling och nukleinsyrepåvisning) (f) 1-14 dagar (a) 3 610 kr
Brucella spp, antikroppspåvisning (IgG och IgM ELISA) Inom 7 arbetsdagar efter ankomst till laboratoriet (b) 1 165 kr
Burkholderia mallei resp pseudomallei (odling och nukleinsyrepåvisning) (f) 1-7 dagar (c) 4 340 kr
Burkholderia mallei/pseudomallei, IgG/IgM (MIF) Inom 10 arbetsdagar efter ankomst till laboratoriet (b) 1 925 kr
Coxiella burnetii (nukleinsyrepåvisning) (f) Inom 1-5 arbetsdagar efter ankomst till laboratoriet (b) 3 030 kr
Coxiella burnetii, antikroppspåvisning (IgG och IgM ELISA) Inom 10 arbetsdagar efter ankomst till laboratoriet (b) 1 265 kr
Coxiella burnetii, IgG/IgM (MIF) Inom 10 arbetsdagar efter ankomst till laboratoriet (b) 1 925 kr
Yersinia pestis (odling och nukleinsyrepåvisning) (f) 1-3 dagar (d) 5 400 kr
Riskklass 3 bakterier, resistensbestämning (e) Inom 7 arbetsdagar efter ankomst till laboratoriet (b) 5 560 kr

(a) PCR utförs samma dag som prov ankommer till Folkhälsomyndigheten och svaras ut direkt. Negativa prov odlas i 14 dagar med upprepade PCR innan slutsvar.

(b) Telefonsvar kan i regel ges samma dag alternativt två dagar efter att analysen körs men att sjukdomskinetiken kan göra att konklusivt svar avseende infektion kräver kompletterande analyser och/eller prov.

(c) PCR utförs samma dag som prov ankommer till Folkhälsomyndigheten och svaras ut direkt. Negativa prov odlas i 7 dagar med upprepade PCR samt MALDI-TOF på eventuella positiva kolonier innan slutsvar.

(d) PCR utförs samma dag som prov ankommer till Folkhälsomyndigheten och svaras ut direkt. Negativa prov odlas i 2 dagar med upprepade PCR samt MALDI-TOF på eventuella positiva kolonier innan slutsvar.

(e) MIC-bestämning utförs med mikrobuljongspädning.

(f) Om 16s-sekvensering önskas för påvisning av andra smittämnen än specificerade riskklass 3-bakterier kan denna analys utföras som komplement till art- och genusspecifika PCR-analyser. Avgiften är 1 720 kr, se Prislista för laboratorieanalyser

Utöver ovan avgifter tillkommer beroende på situation nedan avgifter.

Tabell 2 med situationer.

Analys

Avgift

Konfirmerande analys, sekvensering riskklass 3

4 800 kr

Analyserna kan utföras samtliga helgfria vardagar året runt.

Avgifter enligt avtal 2019-02-01 har uppdaterats 2022-04-29. Dessa kan årligen höjas motsvarande landstingsindex/konsumentprisindex (LPI/KPI), eller vid behov högre efter förankring i SLIM styrgrupp.

Folkhälsomyndigheten svarar ut på papper eller elektroniskt via LabPortalen.

LabPortalen/eRemiss (infosolutions.se)

Referensmaterial

Myndigheten bedömer att denna typ av fåtalsdiagnostik i möjligaste mån ur ett kvalitets- och säkerhetsperspektiv ska centraliseras till ett laboratorium för klinisk mikrobiologisk diagnostik.

Expertstöd

Folkhälsomyndigheten ger expertstöd och rådgivning ger vid utredningar där misstanke om högpatogena icke-toxinproducerande bakterier. Denna rådgivning finns tillgänglig på telefon 7/24/365 genom funktionen Klinisk mikrobiolog i beredskap.

Utveckling och samverkan

Verksamheten utvecklar och validerar nya metoder vid behov själva eller i samverkan med andra internationella laboratorier. Den omfattande omvärldsbevakning som finns vid myndigheten ligger till grund för beslut om etablering av nya diagnostiska metoder Se punkt 9 för vilka nätverk verksamheten samverkar med.

Omvärldsbevakning och beredskap

Folkhälsomyndigheten får via sitt IHR uppdrag tidigt ta del av en rad olika internationella utbrottsvarningar (t.ex. EWRS, ECDC- och WHO kommunikation). Verksamhetschefen är dessutom national microbiological focal point för ECDC och myndigheten får dagliga uppdateringar från ECDC om aktuella internationella smittskyddsrelevanta händelser. Myndigheten deltar också i det svenska respektive nordiska Forum för Beredskapsdiagnostik och det europeiska nätverket EMERGE som koordineras från Roberth Koch Institutet i Tyskland. I dessa nätverk omfattas metodutveckling, övningar och arbete med kvalitetssäkring för diagnostik av högpatogena bakterier.

Myndigheten har också genom sitt samordningsansvar gentemot landets smittskydd löpande kontakt med landets samtliga smittskyddsenheter och får på regelbundna veckomöten eller via mejl information om aktuella smittskyddshändelser runt om i landet. En systematisk litteratur och mediabevakning finns på myndigheten som genom mejluppdateringar och dagliga 11-möten förmedlas till den laborativa verksamheten.