Nationella referenslaboratorier för bakteriella tarmpatogener (Campylobacter, Salmonella, Shigella, Yersinia non-pestis, Vibrio cholerae, EHEC) samt Helicobacter
Här finns information om analyser, svarstider, avgifter och uppdragsbeskrivning.
Ansvarigt laboratorium
Hallands Sjukhus Halmstad
- Avdelning: Klinisk Mikrobiologi och Vårdhygien i Halland
- Verksamhetschef: Arne Kötz
Kompletterande laboratorier
Folkhälsomyndigheten
- Avdelningen för mikrobiologi
- Avdelningschef: Sara Byfors
Sahlgrenska Universitetssjukhuset
- Avdelning: Klinisk mikrobiologi
- Verksamhetschef: Peter Brodin
Omfattning
Campylobacter, Salmonella, Shigella, Yersinia non-pestis, Vibrio cholerae, EHEC. Dessutom ingår Helicobacter.
Fördelning av uppdrag
Vid frågor kontaktas huvudansvarigt NRL, om det inte är tydligt att frågan hanterades av kompletterande NRL. De smittämnen som hanteras av NRL kan i vissa fall identifieras i prov tagna från andra platser än magtarmkanalen. Sådan primärdiagnostik faller utanför uppdraget för NRL och hanteras av lokalt mikrobiologiskt laboratorium, även om NRL kan tillhandahålla agensspecifik expertis och diagnostik. NRL tillhandahåller primärdiagnostik i prov från magtarmkanalen samt utvidgade analyser som typningar av primära isolat från olika lokaler.
Kontaktuppgifter och tillgänglighet
Hallands Sjukhus Halmstad
Klinisk mikrobiolog nås vardagar klockan 08:00-16:00 och helger klocan 09:00-14:00 via växeln 035-13 10 00.
Ledare av NRL: Arne Kötz, överläkare, verksamhetschef.
Folkhälsomyndigheten
Referensfunktioner nås genom laboratoriets ordinarie kontaktvägar för läkarkonsultation.
Kundtjänst mikrobiologi (folkhalsomyndigheten.se)
Vid brådskande behov utanför kontorstid kan fråga anmälas till KMiB, på telefon 010-205 24 00, för vidareförmedling till NRL med svar under kontorstid.
Ledare av NRL: Inga Fröding, överläkare, utredare.
Sahlgrenska Universitetssjukhuset
Laboratoriet är öppet vardagar klockan 08:00-17:00, helger klockan 08:00-16:00. Jourhavande bakteriolog finns tillgänglig vardagar klockan 08:00-18:00, helger klockan 08:00-14:00 på telefon 031-342 49 45.
Ledare av NRL: Annika Ljung, specialistläkare i klinisk bakteriologi.
Referensdiagnostik
Hallands Sjukhus Halmstad
| Analys | Ackrediterad analys | Kvalitetssäkrad analys | Tillgänglighet (Analys utförs) | Svarstid | Avgift |
|---|---|---|---|---|---|
| Primärdiagnostik för campylobacter, salmonella, shigella, Yersinia enterocolitica, ehec (molekylärbiologisk samt vid positivt resultat: odling och resistensbestämning) | Ja | – | Helgfria vardagar året runt | 1 dygn (mån-fre), vid odling ytterligare två dygn | 339 kr |
| Odling och resistensbestämning för Vibrio cholerae | Ja | – | Helgfria vardagar året runt | 2 dygn (mån-fre) | 339 kr |
| Yersinia species patotypning | – | Ja | Helgfria vardagar året runt | 3 dygn (mån-fre) | 725 kr |
Avgifter enligt avtal 2019-01-01 har uppdaterats 2022-04-29. Dessa kan årligen höjas motsvarande landstingsindex/ konsumentprisindex (LPI/KPI), eller vid behov högre efter förankring i SLIM styrgrupp.
Remissvar på papper och fax.
Sahlgrenska Universitetssjukhuset
| Analys | Ackrediterad analys | Tillgänglighet | Svarstid | Avgift |
|---|---|---|---|---|
| Helicobacter (odling och resistensbestämning) | – | (a) | 2-4 dygn | 343 kr |
(a) Utodling när prov anländer (dagligen året runt, vardagar klockan 8-18, lördagar klockan 8-15, söndagar klockan 9-14, aftnar klockan 8-14), avläsning vardagar året runt.
Avgifter enligt avtal 2019. Dessa kan årligen höjas motsvarande landstingsindex/ konsumentprisindex (LPI/KPI), eller vid behov högre efter förankring i SLIM styrgrupp.
Remissvar på papper/fax (om faxavtal)/Elektroniskt till Sahlgrenska Universitetssjukhuset och Närhälsan i Göteborgsområdet.
Folkhälsomyndigheten
| Analys | Ackrediterad analys | Kvalitetssäkrad analys | Tillgänglighet | Svarstid | Avgift |
|---|---|---|---|---|---|
| Shigella spp, verifikation/serotypning | – | Ja | Vardagar | 1 vecka | 1 570 kr |
| Salmonella spp, molekylär serotypning (helgenomsekvensering) | – | Ja | Vardagar | Vid smittspårning, utbrott 2-3 dagar. Övriga 1 vecka | 0 kr (c) |
| Ehec, epidemiologisk typning helgenomsekvensering | – | Ja | (a) | 1 vecka | 0 kr (d) |
| Isolering och typning av ehec vid HUS | – | Ja | Vardagar | 1-2 veckor | 0 kr |
| Identifiering av Vibrio cholerae och detektion av gener för koleratoxin, pili samt serotyperna O1 och O139 med PCR | Ja | Vardagar | 2-3 dagar | 775 kr | |
| Campylobacter, epidemiologisk typning helgenomsekvensering | – | Ja | (a) | Enskilt utsvar efter begäran | 2 520 kr |
| Helgenomsekvensering av övriga | – | Ja | (b) | 1 vecka | 0 kr (e) |
(a) Tillgänglighet: Vardagar (körs rutinmässigt 2 dagar/vecka) och svar erhålles inom 1-2 dagar efter körning.
(b) Tillgänglighet: Analyseras rutinmässigt 2 vardagar/vecka och svar erhålles inom 1-2 dagar efter körning.
(c) Avgiftsfritt inom nationellt övervakningsprogram. Övriga 2 520 kr.
(d) Avgiftsfritt inom nationellt övervakningsprogram.
(e) Avgiftsfritt inom övervakningsprogram. Övriga 2 520 kr.
Avgifter enligt avtal 2019-01-01. Dessa kan årligen höjas motsvarande landstingsindex/ konsumentprisindex (LPI/KPI), eller vid behov högre efter förankring i SLIM styrgrupp.
Folkhälsomyndigheten svarar ut på papper eller elektroniskt via LabPortalen.
Referensmaterial
Hallands Sjukhus Halmstad
Referensstammar för bakteriella tarmpatogener finns att tillgå hos CCUG och paneler för externkontroll finns tillgängligt från olika leverantörer. Halmstad framställer en faeces-panel för kvalitetskontroll för Equalis som distribueras via dem mot avgift. Halmstad kan tillhandahålla positivt ursprungsmaterial (faeces) för andra laboratorier i samverkan för att testa hela analysprocessen vid övergång till PCR-baserade metoder.
Folkhälsomyndigheten
Rekommenderade referensstammar tillhörande ackrediterade kollektioner (ATCC, NTCC, CCUG med flera) beställs av användarna direkt från kuratorn för respektive kollektion.
Myndigheten har utöver ovan tillgång till ett stort referensmaterial bestående av kliniska isolat insamlade inom de nationella övervakningsprogrammen.
FOHM framställer en ehec-panel för kvalitetskontroll för Equalis som distribueras via dem mot avgift.
Sahlgrenska Universitetssjukhuset
Laboratoriet tillhandahåller för närvarande ej paneler för utskick, kvalitetsprover eller liknande.
Expertstöd
Hallands Sjukhus Halmstad
Stöd till andra laboratorier via telefon och mail vid utredning av svårbedömda prover. Stöd vid etablering, validering och kvalitetssäkring av PCR-baserade metoder. Vid behov av stöd vid utbrott/back-up i en utbrottssituation kan primärdiagnostik erbjudas och vid misstänkt falskt negativa resultat för prover tagna under utbrott kan kompletterande diagnostik tillhandahållas.
Folkhälsomyndigheten
Myndigheten kan bistå landets hälso- och sjukvård med expertstöd avseende:
- De analyser som anges under ”Referensdiagnostik”.
- Epidemiologisk typning, tolkning av analysresultat och expertstöd vid utbrottsutredningar för yersinia, campylobacter, salmonella, shigella och ehec. Det gäller bland annat bedömning om antal prov som behöver isoleras eller typas vid utbrott, av om olika isolat hör ihop, har påvisad typ uppträtt i andra delar av världen, vilka specifika markör föreligger inom utbrottet, virulens, resistens, etc.
Stöd till andra laboratorier via telefon och mail vid utredning av svårbedömda prover.
Sahlgrenska Universitetssjukhuset
Laboratoriet tillhandahåller allmän kompetens, men för närvarande inte specifik spetskompetens för de analyser som tillhandahålls inom NRL.
Utveckling och samverkan
Hallands Sjukhus Halmstad
För alla bakteriella tarmpatogener som ingår i referenslabsfunktionen finns välfungerande PCR- och odlingsmetoder. Dessutom pågår utveckling av ytterligare PCR-tester och optimering av odlingsmetoder för utvärdering av PCR-positiva resultat. NRL samverkar med nationella och internationella nätverk inom området.
Folkhälsomyndigheten
Myndigheten bedriver utveckling och validering av nya analyser när ett nationellt behov föreligger. Kunskapsbasen inom analys och tolkning av typningsresultat och molekylär epidemiologi utvecklas kontinuerligt genom våra nationella övervakningsprogram, nationella studier, och deltagande i nationella och internationella nätverk.
Sahlgrenska Universitetssjukhuset
Diagnostik förbättras vid behov utifrån aktuell vetenskaplig litteratur, andras erfarenheter och egna tester och valideringar och samverkan sker med övriga laboratorier inom NRL för att upprätthålla en hög diagnostisk kvalitet av bakteriologiska tarmpatogener och att utveckla diagnostiken vidare utifrån vårdens behov.
Omvärldsbevakning och beredskap
Hallands Sjukhus Halmstad
Omvärldsbevakning sker genom att litteraturen inom området bevakas och genom tätt samarbete med smittskyddsenheten i Region Halmstad. Ett omfattande nationellt kontaktnät har etablerats genom stöd till andra laboratorier för uppsättning och validering av nya metoder. Den omfattande automatiseringen inom den molekylärbiologiska enheten innebär att god beredskap finns tillgänglig vid behov av stöd i utbrottssituationer etc.
Folkhälsomyndigheten
Myndigheten utför löpande omvärldsbevakning inom området livsmedelsburen smitta för att säkerställa att metodologin som används är ändamålsenlig och uppdaterad. De mikrobiella övervakningsprogrammen är en viktig plattform för att upptäcka nationell och internationell smittspridning.
Folkhälsomyndigheten får via sitt IHR uppdrag tidigt ta del av en rad olika internationella utbrottsvarningar (till exempel EWRS, ECDC- och WHO kommunikation). Avdelningschefen är dessutom national microbiological focal point för ECDC och myndigheten får dagliga uppdateringar från ECDC om aktuella internationella smittskyddsrelevanta händelser. Myndigheten har också genom sitt samordningsansvar gentemot landets smittskydd löpande kontakt med landets samtliga smittskyddsenheter och får på så sätt information om smittskyddshändelser i landet. En systematisk litteratur och mediabevakning finns på myndigheten som kommuniceras bland annat via mejluppdateringar/nyhetsbrev.
Sahlgrenska Universitetssjukhuset
Allmän omvärldsbevakning bedrivs för att säkra att analyserna håller hög kvalitet.