Nationella referenslaboratorier för mykobakterier
Här finns information om analyser, svarstider, avgifter och uppdragsbeskrivning.
Ansvarigt laboratorium
Folkhälsomyndigheten
- Avdelningen för mikrobiologi
- Avdelningschef: Sara Byfors
Kompletterande laboratorier
Medicinsk Diagnostik Karolinska
- Avdelning: Medicinsk enhet Klinisk mikrobiologi
- Verksamhetschef: Annika Tiveljung Lindell
Länssjukhuset i Kalmar
- Diagnostiskt centrum, Avdelningen för Klinisk Mikrobiologi
- Verksamhetschef: Liselott Kolterjahn Sjöholm
Region Östergötland
- Diagnostikcentrum, Klinisk Mikrobiologi
- Verksamhetschef: Stefan Johansson
Fördelning av uppdrag
Uppdraget omfattar diagnostiskt, metodologiskt och tolkningsmässigt stöd avseende laboratorieanalyser för mykobakterier och omfattar nu förutom diagnostik av M. tuberculosis även övriga mykobakterier (så kallade icke-tuberkulösa mykobakterier; NTM) samt immunologiska tester för detektion av latent tuberkulos.
Folkhälsomyndigheten är huvudansvarigt NRL och ansvarar för utvidgad resistensbestämning samt epidemiologisk typning av bekräftade isolat av M. tuberculosis.
Medicinsk Diagnostik Karolinska ansvarar för och är kompletterande NRL för primärdiagnostik av M. tuberculosis samt primärdiagnostik och resistensbestämning av NTM.
Region Östergötland är kompletterande NRL och har en kompletterande funktion till MDK för primärdiagnostik av M. tuberculosis och NTM särskilt avseende helgenomsekvensering, metodutveckling och kliniskt tolkningsstöd inom primärdiagnostik.
Länssjukhuset i Kalmar ansvarar för och är kompletterande NRL för immunologisk diagnostik av latent tuberkulos.
Vid frågor kontaktas huvudansvarigt NRL, om det inte är tydligt att frågan hanteras av kompletterande NRL som t.ex. vid kliniska frågor om primärdiagnostik för mykobakteriella infektioner respektive immunologisk för detektion av latent tuberkulos.
Kontaktuppgifter och tillgänglighet
Folkhälsomyndigheten
Referensfunktioner nås genom laboratoriets ordinarie kontaktvägar för läkarkonsultation.
Kundtjänst mikrobiologi (folkhalsomyndigheten.se)
Vid brådskande behov utanför kontorstid kan fråga anmälas till KMiB, på telefon 010-205 24 00, för vidareförmedling till NRL med svar under kontorstid.
Folkhälsomyndigheten kontaktas för utvidgad resistensbestämning samt epidemiologisk typning av bekräftade isolat av M. tuberculosis.
Ledare av NRL: Jim Werngren, utredare och mikrobiolog (PhD).
Medicinsk Diagnostik Karolinska
Referensfunktioner nås genom laboratoriets ordinarie kontaktvägar för läkarkonsultation.
Kontakt med Klinisk Mikrobiologi (karolinska.se)
Medicinsk Diagnostik Karolinska kan kontaktas vid frågor om primärdiagnostik av M. tuberculosis och icke-tuberkulösa mykobakterier, inklusive primär resistensbestämning.
Ledare av NRL: Christian Giske, professor, överläkare samt Erja Chryssanthou, docent, mikrobiolog.
Region Östergötland
Referensfunktioner nås genom laboratoriets ordinarie kontaktvägar: måndag-fredag klockan 08:00-17:00 samt helgtid klockan 08:00-15:00 via kundtjänst på telefon 010-103 26 15.
Medicinsk Diagnostik Karolinska skall i första hand kontaktas vid frågor om primärdiagnostik av M. tuberculosis och icke-tuberkulösa mykobakterier inklusive primär resistensbestämning. Linköpings Universitetssjukhus kan vid behov bistå, särskilt kring frågor om tolkning av resistensbestämning, artbestämning med helgenomsekvensering eller PCR-screening av misstänkt tuberkulos med Xpert MTB/RIF Ultra.
Ledare av NRL: Thomas Schön, professor och överläkare i infektionsmedicin/klinisk mikrobiologi och Michaela Jonsson Nordvall, biolog.
Länssjukhuset i Kalmar
Referensfunktioner nås genom laboratoriets ordinarie kontaktvägar för läkarkonsultation: Måndag-fredag klockan 08:00-17:00 samt helgtid klockan 10:00-12:00 på 0480-814 41.
Ledare av NRL: Thomas Schön, professor och överläkare i infektionsmedicin och klinisk mikrobiologi.
Referensdiagnostik
Folkhälsomyndigheten
Bekräftande och utvidgad resistensbestämning samt epidemiologisk typning av M. tuberculosis utförs genom följande ackrediterade metoder.
| Analys | Svarstid | Avgift |
|---|---|---|
| MDR M. tuberculosis epidemiologisk typning med helgenomsekvensering inom nationellt övervakningsprogram | 14 dagar | 0 kr |
| M. tuberculosis epidemiologisk typning med helgenomsekvensering (övriga isolat) | 14 dagar | 2 520 kr |
| M. tuberculosis utvidgad resistensbestämning (inkluderar även vissa MIC-bestämningar samt molekylär resistenskaraktärisering med helgenomsekvensering) | 6-10 dagar | 10 130 kr |
| M. tuberculosis MIC-bestämning per preparat (4 konc) | 6-10 dagar | 2 390 kr |
| M. tuberculosis resistensbestämning per preparat | 6-10 dagar | 905 kr |
Avgifter enligt avtal 2019-07-01 har uppdaterats 2022-04-29. Dessa kan årligen höjas motsvarande landstingsindex/ konsumentprisindex (LPI/KPI), eller vid behov högre efter förankring i SLIM styrgrupp.
Folkhälsomyndigheten svarar ut på papper eller elektroniskt via LabPortalen.
LabPortalen/eRemiss (infosolutions.se)
Medicinsk Diagnostik Karolinska
Primärdiagnostik av mykobakterier (M. tuberculosis samt icke tuberkulösa mykobakterier) inklusive primär resistensbestämning utförs genom följande ackrediterade metoder.
| Analys | Svarstid | Avgift |
|---|---|---|
| Mikroskopi för förekomst av mykobakterier | Nästkommande vardag | (a) |
| Odling av mykobakterier från kliniska prov | Positiva svar lämnas vanligen inom 2-4 veckor, negativa svar efter 7 veckor. | 820 kr |
| Resistensbestämning av isolat tillhörande M. tuberculosis-komplexet för förstahandsmedel samt levofloxacin | Vanligen ca 2 veckor efter att M. tb har växt fram | 820 kr |
| Påvisning av resistensmutationer hos M. tuberculosis -komplexet mot isoniazid och rifampicin samt kinoloner och aminoglykosider från direktprov alternativt isolat med line-probe teknik | Vanligen nästkommande onsdag | 697 kr/ resistens |
| Påvisning av M. tuberculosis-komplexet DNA genom PCR-metodik inklusive INH och RIF-mutationer (BD-Max) | Nästkommande vardag | 1 050 kr |
| Påvisning av mykobakterie DNA med artbestämning och resistensmutationer mot kinoloner och aminoglukosider med line-probe teknik | Vanligen inom en vecka efter att isolatet har växt fram | 1 600 kr |
| Artbestämning av icke-tuberkulösa mykobakterier med PCR/omvänd hybridisering (HAIN) | Vanligen inom en vecka efter att isolatet har växt fram | 1 600 kr |
| Artbestämning av icke-tuberkulösa mykobakterier med 16S rDNA sekvensering | Vanligen inom en vecka efter att isolatet har växt fram | 1 600 kr |
| Resistensbestämning av NTM med buljongspädningsteknik (Sensititre) | Vanligen inom en vecka efter att isolatet har växt fram | 1 093 kr |
(a) Ingår i avgift för odling.
Avgifter enligt avtal 2019-01-01 har uppdaterats 2022-04-29. Dessa kan årligen höjas motsvarande landstingsindex/konsumentprisindex (LPI/KPI), eller vid behov högre efter förankring i SLIM styrgrupp.
Universitetssjukhuset i Linköping
Primärdiagnostik av mykobakterier utförs genom följande ackrediterade metoder. Universitetssjukhuset i Linköping utför också sedvanlig primärdiagnostik för mykobakterier men sådana analyser utförs i första hand av KUL.
| Analys | Svarstid | Avgift |
|---|---|---|
| Artbestämning med helgenomsekvensering (MGIT-rör eller bakteriekoloni) | Inom en vecka | 2 075 kr |
| Molekylär detektion av M. tuberculosis-komplexet med Xpert MTB/RIF Ultra i likvor och luftvägsprover | Inom ett dygn från att provet anländer | 1 300 kr |
Avgifter enligt avtal 2019-01-01 har uppdaterats 2022-04-29. Dessa kan årligen höjas motsvarande landstingsindex/konsumentprisindex (LPI/KPI), eller vid behov högre efter förankring i SLIM styrgrupp.
Länssjukhuset i Kalmar
Diagnostik avseende immunsvar mot M. tuberculosis-komplexet utförs med ackrediterad interferon-gamma release assay (IGRA)-metod.
| Analys | Svarstid | Avgift |
|---|---|---|
| Quantiferon PLUS | 1-3 dagar | 625 kr |
Avgifter enligt avtal 2019-01-01 har uppdaterats 2022-04-29. Dessa kan årligen höjas motsvarande landstingsindex/konsumentprisindex (LPI/KPI), eller vid behov högre efter förankring i SLIM styrgrupp.
Referensmaterial
Folkhälsomyndigheten
I första hand kommer vi att hänvisa till ackrediterade kollektioner avseende referensmaterial (till exempel ATCC, CCUG, NTCC). I de fall de inte har stammarna kan vi tillhandahålla dessa mot avgift. Vi kommer också att tillhandahålla extern kvalitetskontroll för resistensbestämning av relevanta första- och andrahandspreparat via årliga WHO-panelutskick innehållande 20 väl karaktäriserade kliniska isolat med varierande resistensmönster. För dessa paneler finns samlad konsensusbedömning baserad på samtliga laboratorieresultat inom WHO nätverket för supranationella referenslaboratorier.
Medicinsk Diagnostik Karolinska
Laboratoriet kan, vid särskilda frågeställningar, bistå mikrobiologiska laboratorier inom landet med begränsat antal kliniska NTM-isolat till exempel för utprövning av nya diagnostiska metoder.
Universitetssjukhuset i Linköping
Laboratoriet kan, vid särskilda frågeställningar, tillhandahålla spädningsserier med känd CFU-nivå av kvalitetskontrollstam (M. tuberculosis H37Rv ATCC 27294) samt poolat normalsputum spikat med kända koncentrationer av Mtb H37Rv eller vanliga NTM-arter.
Länssjukhuset i Kalmar
Laboratoriet kan, vid särskilda frågeställningar, tillhandahålla diagnostiska paneler för jämförelser av metoder och vid felsökning.
Expertstöd
Folkhälsomyndigheten
Vi kommer att tillhandahålla metod- och kvalitetsstöd såsom rådgivning kring kvalitetssäkring och implementering av nya fenotypiska resistensbestämningsmetoder och helgenomsekvensering för epidemiologisk typning samt expertstöd för tolkning av resistensbestämningsresultat för M. tuberculosis-komplexet. Vidare kommer vi att delge information kring ny kunskap om nya och etablerade resistensbestämningsmetoders tillförlitlighet och relevans.
Medicinsk Diagnostik Karolinska
Vi förmedlar expertstöd vid medicinska konsultationer kring provtagning, diagnostik och behandling av tuberkulos och infektioner orsakade av NTM i olika kliniska ronder inom vårt upptagningsområde. Vi ger också rådgivning kring implementering och kvalitetssäkring av nya metoder för primärdiagnostik av tuberkulos och NTM. Bakteriologisk kompetens på överläkarnivå finns alltid tillgänglig under laboratoriets öppettider och expertkompetens på primärdiagnostik av mykobakterier finns i allmänhet tillgänglig vid behov av akut/halvakut konsultation, dock inte systematiskt under helger.
Universitetssjukhuset i Linköping
I första hand skall frågor kring primärdiagnostik avseende mykobakteriella infektioner riktas till KUL enligt ovan. Vid behov kan laboratoriet ge råd kring provtagning, diagnostik och behandling av tuberkulos och infektioner orsakade av NTM. Vi kan också erbjuda visst metodutvecklingsstöd vad gäller helgenomsekvensering i primärdiagnostik. Kompetens på överläkarnivå finns som regel tillgänglig under laboratoriets öppettider.
Länssjukhuset i Kalmar
Vi förmedlar expertstöd vid medicinska konsultationer kring immunologiska metoder för detektion av latent tuberkulos avseende provtagning, diagnostik och ställningstagande till behandling (tolkning av resultat). I detta ingår informationsspridning av ny kunskap om nya och tillgängliga testers tillförlitlighet och relevans. Vi erbjuder också rådgivning vid implementering och metodologiska frågor. Kompetens på överläkarnivå finns som regel tillgänglig under laboratoriets öppettider.
Utveckling och samverkan
Folkhälsomyndigheten
Genom att vi deltar i internationella nätverk inhämtas och kommuniceras internationella rekommendationer avseende resistensbestämning av M. tuberculosis. Även fortsättningsvis avser vi att samverka med exempelvis WHO och EUCAST-AMST (European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing-Antimycobacterial Susceptibility Testing), där J. Werngren är vetenskaplig sekreterare, för att bedriva forskningsprojekt i syfte att kartlägga resistensutveckling mot nya läkemedel, karakterisera fenotypisk och genotypisk resistens samt etablera referensmetodik för t.ex. MIC-bestämningar. På samma sätt avser vi att bidra i utformandet av framtida strategier och rekommendationer som exempelvis revisionen av nationella rekommendationer för preventiva insatser av tuberkulos. Vartannat år anordnar Folkhälsomyndigheten en TB-dag som riktar sig till alla som arbetar med tuberkulos i Sverige. Vi har även årliga möten inom det svenska TB-laboratorienätverket som utgör en viktig del av laboratoriesamverkan på nationell nivå. Vi ser att nätverket också fortsatt i hög grad utgör ett viktigt forum för återkommande diskussioner kring referensfunktioner som t.ex. kvalitetsstöd och metodutvärdering. Folkhälsomyndigheten kommer som NRL för M. tuberculosis i möjligaste mån verka för att i samverkan med TB-laboratorienätverket gemensamt utveckla den tillgängliga TB-diagnostiken i landet.
Medicinsk Diagnostik Karolinska
Genom vårt deltagande i olika nationella och internationella nätverk (EUCAST och ESCMID) kommer vi bedriva omvärldsbevakning och diskussioner om diagnostiska behov. C. Giske har en stor möjlighet att följa detta genom den samordnande rollen som ordförande för EUCAST. Vårt samarbete med infektionskliniken och farmakologen om terapeutisk monitorering och behovet av MIC-bestämning för att skräddarsy behandling utifrån farmakokinetiska/farmakodynamiska principer blir central.
Karolinska Universitetslaboratoriets Clinical genomics-enhet är en precisionsmedicinsk satsning för next-generation sequencing. Vi kommer här även undersöka möjligheter för att använda dessa tekniker i primärdiagnostiken av M. tuberculosis. Vi kommer att följa utvecklingen inom art- och resistensbestämning av icke-tuberkulösa mykobakterier, samt implementering av europeiska brytpunkter för användning i resistensbestämning. Artbestämning av icke-tuberkulösa mykobakterier kommer inom den närmaste tiden övergå till helgenomsekvensering.
Universitetssjukhuset i Linköping
Aktiv forskning samt bevakning av nationella och internationella konferenser och litteratur sker kontinuerligt och systematiskt av lokalt NRL-ansvariga (T. Schön och M. Jonsson Nordvall ). Flera lokala, nationella och internationella utvecklings- och forskningsprojekt drivs vad gäller primärdiagnostik och resistensbestämning av mykobakterier. T. Schön deltar som representant i EUCAST subgrupp för mykobakterier (AMST) i utveckling av referensmetodik och utveckling av kliniska brytpunkter för mykobakterier. Det finns sedan länge ett etablerat forsknings- och utvecklingssamarbete med Folkhälsomyndigheten och MDK.
Länssjukhuset i Kalmar
Aktiv forskning samt bevakning av nationella och internationella konferenser och litteratur sker kontinuerligt och systematiskt av lokalt NRL-ansvarig (T. Schön). T. Schön ansvarar för frågor om analysen, föreläser både nationellt och internationellt om IGRA-tester samt driver och har drivit nationella och internationella kliniska studier vad gäller gränsvärden och nationella svarsriktlinjer för Quantiferon-analysen.
Omvärldsbevakning och beredskap
Folkhälsomyndigheten
Folkhälsomyndigheten får via sitt IHR uppdrag tidigt ta del av en rad olika internationella utbrottsvarningar (till exempel EWRS, ECDC- och WHO kommunikation). Verksamhetschefen är dessutom national microbiological focal point för ECDC och myndigheten får dagliga uppdateringar från ECDC om aktuella internationella smittskyddsrelevanta händelser. Vi omvärldsbevakar nya rekommendationer och riktlinjer och vetenskaplig litteratur med inriktning på resistensmetodik för M. tuberculosis samt utgör stöd vid utbrottsutredningar både nationellt och internationellt. Det nationella mikrobiella övervakningsprogrammet i kombination med myndighetens avgiftsbelagda typning utgör en viktig plattform för att upptäcka eventuell nationell spridning.
Medicinsk Diagnostik Karolinska
Vi kommer bevaka nya nationella och internationella rekommendationer och riktlinjer för diagnostik och behandling av tuberkulos både genom de nätverk vi är med i, genom att bevaka vetenskapliga konferenser, och genom att systematiskt följa litteraturen på området. Både E. Chryssanthou och C. Giske kommer att ansvara för detta, med stöd av bland annat Gabrielle Fröberg, specialistläkare vid KUL.
Universitetssjukhuset i Linköping
Genom EUCAST subgrupp för mykobakteriell resistensbestämning (EUCAST-AMST) kommer ny referensmetodik och brytpunkter för NTM och M. tuberculosis snabbt att kunna bevakas och implementeras. T. Schön och Michaela Jonsson Norvall kommer som NRL-ansvariga att bevaka aktuell litteratur och konferenser inom området.
Länssjukhuset i Kalmar
Nya nationella och internationella rekommendationer och riktlinjer för diagnostik av latent tuberkulos med immunologiska metoder kommer att bevakas både genom de forskningsnätverk vi deltar i, genom att bevaka vetenskapliga konferenser, och genom att systematiskt följa litteraturen på området. T. Schön kommer att ansvara för detta.