Nationella referenslaboratorier för clostridioides difficile

Ansvarigt laboratorium

Universitetssjukhuset Örebro

• Avdelning: Klinisk Mikrobiologi
• Verksamhetschef: Shaman Muradrasoli

Kompletterande laboratorium

Folkhälsomyndigheten

• Avdelningen för mikrobiologi
• Avdelningschef: Sara Byfors

Fördelning av uppdrag

Laboratoriet vid Universitetssjukhuset i Örebro är huvudansvarigt för NRL C. diffcile (70 procent) och FoHM är kompletterande NRL (30 procent). Örebro ansvarar för att utföra typning i samband med misstänkt spridning inom sjukvården medan FoHM ansvarar för nationell övervakning. Vid frågor kontaktas huvudansvarigt NRL, om det inte är tydligt att frågan hanteras av kompletterande NRL.

Kontaktuppgifter och tillgänglighet

Universitetssjukhuset Örebro

Laboratoriet har jourbemanning under årets alla dagar avseende akut bakteriologi och virologi. Denna läkarjour kan kontaktas vid behov vardagar klockan 08:00-16:30 respektive helgdagar klockan 08:00-14:00, telefon 019-602 35 23, för att kunna svara på enklare frågor inom C.difficile området eller ta frågan vidare till relevanta personer kopplade till referensfunktionen. Uppföljande diskussion med expertis inom C.difficile kan då oftast ske nästkommande vardag. Konfirmerande analyser avseende C.difficile utförs inte på helg.

Ledare av NRL: Torbjörn Norén, docent, överläkare samt Martin Sundqvist, Med Dr, överläkare.

Folkhälsomyndigheten

Referensfunktioner nås genom laboratoriets ordinarie kontaktvägar för läkarkonsultation.

Kundtjänst mikrobiologi (folkhalsomyndigheten.se)

Vid brådskande behov utanför kontorstid kan fråga anmälas till KMiB, på telefon 010-205 24 00, för vidareförmedling till NRL med svar under kontorstid.

Ledare av NRL: Kristina Rizzardi, mikrobiolog, utredare.

Referensdiagnostik

Om behov av referensdiagnostik önskas ska i första hand prover med oklart resultat och utbrottsfrågeställningar skickas till Universitetssjukhuset i Örebro. I samband med nationella insamlingar skickas prover direkt till Folkhälsomyndigheten.

Universitetssjukhuset Örebro

Avgifter enligt aktuell prislista juli 2022. Dessa kan årligen höjas motsvarande landstingsindex/konsumentprisindex (LPI/KPI), eller vid behov högre efter förankring i SLIM styrgrupp.

Vid utbrottsmisstanke bör laboratoriet i Örebro kontaktas innan prover skickas för mest effektiv typning.

Svar lämnas digitalt inom Region Örebro län men på papper till beställare utifrån Regionen. I tillägg lämnas vid utbrottsmisstanke ett samlat svar för flera prover direkt till beställande regions Vårdhygien/smittskydd. Vid akut frågeställning så kontaktas också beställaren för diskussion om resultaten.

Folkhälsomyndigheten

(a) Utförs på isolat insamlade vecka 39-40 enligt det nationella övervakningsprogrammet. För utvalda isolat görs även resistensbestämning och vid fynd av misstänkta utbrott funna bland isolat insamlade under insamlingsveckorna görs även helgenomsekvensering för verifiering.

Folkhälsomyndigheten svarar ut på papper eller elektroniskt via LabPortalen; till Karolinska, Sahlgrenska, Uppsala, Linköping kopplas E-svar till journalsystemet.

LabPortalen/eRemiss (infosolutions.se)

Referensmaterial

Universitetssjukhuset Örebro

I första hand hänvisas förfrågningar om referensmaterial till CCUG eller FoHM.

Folkhälsomyndigheten

I första hand hänvisas förfrågningar om referensmaterial till CCUG, då specifika frågeställningar uppkommer som inte kan täckas av CCUG kan FOHM tillhandahålla isolat och referenskollektioner till självkostnadspris. FOHM kan även ta fram en kvalitetspanel för PCR ribotypning och MALDI HMW typning mot avgift.

Expertstöd

Universitetssjukhuset Örebro

Stöd i diskussion av val av primär-diagnostiska analyser, uppdatering av epidemiologisk information av aktuell nationell och internationell epidemiologi samt stöd i hanteringen av enstaka sjukdomsfall och utbrott kan erhållas. Vid behov kan kontakter med internationella experter erbjudas. Vid omfattande konsultinsatser kommer självkostnadsprincip tillämpas vid uttag av konsultarvode för att täcka omkostnader för relevant expertis.

Folkhälsomyndigheten

FOHM kan bistå SME och vårdhygienenheter med expertstöd gällande typfördelningar i landet, incidensjämförelser nationell och internationellt, samt vid specialförfrågningar om vissa typers egenskaper såsom utbrottsbenägenhet eller resistensmönster. FOHM bistår även med expertkunskap gällande tolkning av resultat från övervakningsprogrammet.

Utveckling och samverkan

Universitetssjukhuset Örebro

Laboratoriet har erfarenhet av och kan erbjuda möjligheter att samverka i kvalitetsarbeten, utvecklingsarbeten och forskningsarbeten med andra laboratorier eller kliniker. Vid utbildningsinsatser och kvalitetsarbeten som inte har tydlig forskningskaraktär kommer självkostnadsprincip tillämpas vid uttag av konsultarvode.

Folkhälsomyndigheten

FOHM fungerar som stöd gentemot Örebro för förvaltning och utveckling av metodik, analysverktyg och databaser för PCR ribotypning och helgenomsekvensering. För MALDI HMW typning har FOHM en nationell roll för utbildning samt utveckling och förvaltning av metodiken och dess analysmjukvara.

Omvärldsbevakning och beredskap

Universitetssjukhuset Örebro

Omvärldsbevakning för typningsmetodik och epidemiologi i Sverige och internationellt kommer framför allt upprätthållas av FOHM men även via referenslaboratoriets deltagande i internationella möten och expertgrupper. I och med vårt samarbete på metodområdet kommer helgenomsekvensering kunna utföras av både Örebro och FOHM vid behov av större nationella insatser. Detta skapar en beredskap för möjlighet till snabb analys av stora provvolymer vid extrema omständigheter.

Folkhälsomyndigheten

Det nationella mikrobiella övervakningsprogrammet som utförs av FOHM utgör grunden för omvärldsbevakningen och utbrottsberedskapen för CDI. Vid allvarlig typ och/eller incidensvariation möjliggör samarbetet på metodområdet att helgenomsekvensering kan utföras av både Örebro och FOHM vid behov av större nationella insatser. Detta skapar en beredskap för möjlighet till snabb analys av stora provvolymer vid extrema omständigheter.