Indikationer för helgenomsekvensering av SARS-CoV-2 inom det nationella mikrobiella övervakningsprogrammet

Gäller från 2024-01-01.

Nationell mikrobiell övervakning är en del i Folkhälsomyndighetens uppdrag när det gäller att följa och analysera utvecklingen av smittsamma sjukdomar och bidrar med underlag för de åtgärder som görs för att minska deras förekomst.

Indikationer för helgenomsekvensering av SARS-CoV-2 inom det nationella mikrobiella övervakningsprogrammet riktar sig de kliniska mikrobiologiska laboratorierna. Indikationen anpassas vid förändringar i det epidemiologiska läget.

Relaterad läsning

• Covid-19 veckorapporter
• Beskrivning av datakällor för övervakning av covid-19
• Information om de mikrobiella övervakningsprogrammen

Instruktion för kompletterande anmälan i SmiNet av typningsresultat för SARS-CoV-2

Syftet med instruktionen är att vägleda läkare vid laboratorium hur anmälan till SmiNet ska ske (automatiserat eller manuellt) avseende typning av SARS-CoV-2 med helgenomsekvensering (WGS).

Syfte

Anmälan av typningsresultat är en kompletterande anmälan för fall där SARS-CoV-2 tidigare påvisats med PCR, och innefattas av smittskyddslagen Kap 2, 6§ punkten 5, "andra uppgifter av betydelse för smittskyddet". Enhetlig anmälan av typningsresultat till SmiNet är viktig för att typningsresultatet snabbt ska nå landets smittskyddsenheter och Folkhälsomyndigheten så att spridning av virusvarianter skall kunna övervakas. Anmälan till SmiNet görs enligt denna instruktion.

Bakgrund

Folkhälsomyndigheten övervakar i enlighet med den europeiska smittskyddsmyndighetens (ECDC) riskbedömning särskilt förekomsten av "virusvarianter av särskild betydelse" (VOC), men även ”virusvarianter av intresse” (VOI) och ”virusvarianter som övervakas” (VUM). Det finns olika system att benämna dessa men huvudsakligen används den genetiska gruppen enligt Pangolin-klassificering samt WHO:s benämning med grekiska bokstäver. De varianter och mutationer som särskilt övervakas förändras kontinuerligt beroende på kunskapsläget och den epidemiologiska situationen.

För att övervaka dynamiken av cirkulerande varianter av SARS-CoV-2 undersöks ett representativt urval av PCR-positiva fall med helgenomsekvensering (WGS). Typningsresultat från all WGS skall rapporteras till SmiNet i form av genetisk grupp enligt Pangolin (ex. BA.2.86).

Kompletterande anmälan till SmiNet av typningsresultat från helgenomsekvensering

Anmälan ska alltid eftersträva att innehålla de detaljer som efterfrågas i SmiNet-formulären. I instruktionen förtydligas vad anmälan specifikt bör innehålla när den avser typning med helgenomsekvensering.

Laboratorieanmälan av läkare vid laboratorium som utför mikrobiologisk diagnostik, eller av den som är ansvarig för ett sådant laboratorium.

• I fältet ”Typ av anmälan” väljs Komplettering av tidigare anmälan i rullistan.
• I fältet ”Diagnostisk metod” väljs Sekvensering i rullistan.
• I fältet ”Övriga resultat” väljs Genotyp i rullistan.
• I fritextfält ”Genotyp” skrivs fastställd genetisk grupp enligt Pangolin, exempelvis: BA.2.86
• Endast beteckningen på den genetiska gruppen ska normalt skrivas. Det är viktigt att alla punkter anges korrekt.
• En tolkningskommentar kan skrivas i fritextfältet ”Kommentar Prov” Fältet rymmer högst 3 000 tecken.