Helgenomsekvensering av svenska SARS-CoV-2 som orsakar covid-19, del 4

Den fjärde delen av rapportserien om genetisk karakterisering av SARS-CoV-2 i Sverige omfattar vecka 45, 2020 till vecka 14, 2021. Under denna period har övervakningsprogrammet för helgenomsekvensering av SARS-CoV-2 utökats till att omfatta 10 procent av de positiva proverna.

Under vecka 45 till vecka 4 i slutet av 2020 och början av 2021 fortsatte totalt 51 olika genetiska grupper cirkulera och perioden dominerades av tre genetiska grupper; B.1.177, B.1.258 samt B.1.221.

Under vecka 49 och fram till årets slut genomfördes en utökning av sekvenseringen för att upptäcka möjliga introduktioner av B.1.1.7. Under årets sista två veckor påvisades flera fall av B.1.1.7 kopplade till utlandsresa, men sannolikt introducerades virusvarianten även av andra resenärer där provtagning och/eller virustypning ej gjorts.

I början av 2021 genomfördes en stor uppskalning av sekvenseringen för prover med påvisad SGTF, från individer med reseanamnes eller samband med misstänkt smittspridning av B.1.1.7. Data under vecka 1 till 4 visar dock på en fortsatt stabil situation med mestadels tidigare etablerade genetiska grupper i cirkulation och totalt antal genetiska grupper under vecka 1-4 är 87. Förekomsten av B.1.1.7 kan ses som stabil under perioden och inga stora effekter på fördelningen syns i förhållande till tidigare period.

Från vecka 5 till 14, 2021 och framåt skalas det mikrobiella övervakningsprogrammets sekvensering av SARS-CoV-2 upp ytterligare. Under veckorna 5 till 9 ökar andelen av B.1.1.7 och efter vecka 9 syns en undanträngning av samtliga andra genetiska grupper. Tidsmässigt sammanfaller den ökade dominansen av B.1.1.7 med ett ökat antal påvisade fall nationellt. Trots dominansen av B.1.1.7 (medel 75 procent, vecka 5-14) påvisas fortfarande ett stort antal andra genetiska grupper under perioden (totalt under perioden påvisas 123 olika genetiska grupper). B.1.351 utgör en låg men stabil (medel 2,9 procent, vecka 5-14) andel av det totala antalet sekvenser och leder till ett antal mindre utbrott under perioden, trots dominansen av B.1.1.7. P.1 har sedan vecka 4 enbart påvisats hos 46 fall (medel 0,13 procent, vecka 5-14) där bland annat resenärer från Brasilien har testats. B.1.1.7+E484K har påvisats hos 49 fall (medel 0,15 procent, vecka 5-14) till vecka 14.