Mikrobiellt övervakningsprogram för SARS-CoV-2
LyssnaSARS-CoV-2 ingår i vårt mikrobiella övervakningsprogram. Här finns kort information om programmets syfte, omfattning och metodik.
Syfte
Övervakningen har som syfte att öka kunskapen om förekomsten och spridningen av SARS-CoV-2 i Sverige och därmed bidra till att ge bättre förutsättningar för planering och åtgärder för regioner, myndigheter och andra aktörer i samhället. Övervakningen omfattar både löpande molekylär typning med helgenomsekvensering och prevalensstudier i olika kohorter med PCR samt tvärsnittsstudier med antikroppspåvisning. Därutöver övervakas befolkningens immunitet mot sjukdomen, exempelvis görs uppföljningar efter covid-19 vaccination.
Omfattning
Målet är att sekvensera 2 000 prov per månad för riket med ett representativt urval baserat på regionernas befolkningsstorlek (se tabell 1).
Inklusionskriterier:
- Samtliga prov från fall med reseanamnes från annat land.
- Samtliga prov från:
- Intensivvårdade patienter.
- Övriga sjukhusvårdade patienter samt fall bland omsorgstagare inom särskilda boenden. Om antalet överstiger kvoten för regionen görs ett representativt urval
- Övriga prov:
- I de fall den regionala kvoten inte fylls av prover från inklusionskriterierna inkluderas prover tagna i primärvården. Dessa ska utgöra ett representativt urval för regionen.
SARS-CoV-2-analyser inkluderas även i sentinel-övervakningen för influensa.
Utöver ovan övervakning genomförs riktade nationella stickprovsundersökningar av pågående infektion av SARS-CoV-2 och mätningar av SARS-CoV-2-specifika antikroppar efter infektion eller vaccination. Undersökningarna omfattar ett slumpmässigt urval av deltagare i befolkningen eller vid behov genom riktade urval.
Region | Antal prover per månad |
---|---|
Blekinge | 30 |
Dalarna | 55 |
Gotland | 12 |
Gävleborg | 55 |
Halland | 65 |
Jämtland | 25 |
Jönköping | 70 |
Kalmar | 47 |
Kronoberg | 39 |
Norrbotten | 48 |
Skåne | 268 |
Stockholm | 462 |
Södermanland | 58 |
Uppsala | 76 |
Värmland | 54 |
Västerbotten | 53 |
Västernorrland | 47 |
Västmanland | 53 |
Västra Götaland | 334 |
Örebro | 59 |
Östergötland | 90 |
Summa riket | 2 000 |
Metodik
För analys av prov genomförs nukleinsyrapåvisning med PCR enligt WHOs riktlinjer samt helgenomsekvensering. Prov för sekvensering väljs med avseende på geografisk och tidsmässig spridning. Vid stickprovsundersökningar används luftvägs- och kapillärprovtagning för påföljande PCR- och antikroppsanalys samt helgenomsekvensering. Den serologiska analysen inkluderar mätningar av mängden antikroppar mot olika SARS-CoV-2 proteiner inklusive mängden neutraliserande antikroppar.
Rapportering och analys
Förutom angivna intervall kan rapportering ske oftare om särskilda behov föreligger, exempelvis vid utbrott. Resultat finns tillgängliga via sjukdomsstatistik för respektive agens/sjukdom eller på utbrottssidan.
- Sjukdomsstatistik covid-19 (årsrapporter)
- Covid-19 veckorapporter
- Undersökningar och studier om covid-19 i befolkningen
- Utbrott vi särskilt bevakar
Läs mer
Publikation
-
Indikationer för helgenomsekvensering av SARS-CoV-2 inom det nationella mikrobiella övervakningsprogrammet
Publicerad:Uppdaterad:Rapporten Indikationer för helgenomsekvensering av SARS-CoV-2 inom det nationella mikrobiella övervakningsprogrammet riktar sig de kliniska mikrobiologiska laboratorierna. Indikationen anpassas vid förändringar…