Mikrobiellt övervakningsprogram för SARS-CoV-2

Lyssna

SARS-CoV-2 ingår i vårt mikrobiella övervakningsprogram. Här finns kort information om programmets syfte, omfattning och metodik.

Syfte

Övervakningen har som syfte att öka kunskapen om förekomsten och spridningen av SARS-CoV-2 i Sverige och därmed bidra till att ge bättre förutsättningar för planering och åtgärder för regioner, myndigheter och andra aktörer i samhället. Övervakningen omfattar både löpande molekylär typning med helgenomsekvensering och prevalensstudier i olika kohorter med PCR samt tvärsnittsstudier med antikroppspåvisning. Därutöver övervakas befolkningens immunitet mot sjukdomen, exempelvis görs uppföljningar efter covid-19 vaccination.

Omfattning

Målet är att sekvensera 2 000 prov per månad för riket med ett representativt urval baserat på regionernas befolkningsstorlek (se tabell 1).

Inklusionskriterier:

  • Samtliga prov från fall med reseanamnes från annat land.
  • Samtliga prov från:
    • Intensivvårdade patienter.
    • Övriga sjukhusvårdade patienter samt fall bland omsorgstagare inom särskilda boenden. Om antalet överstiger kvoten för regionen görs ett representativt urval
  • Övriga prov:
    • I de fall den regionala kvoten inte fylls av prover från inklusionskriterierna inkluderas prover tagna i primärvården. Dessa ska utgöra ett representativt urval för regionen.

SARS-CoV-2-analyser inkluderas även i sentinel-övervakningen för influensa.

Utöver ovan övervakning genomförs riktade nationella stickprovsundersökningar av pågående infektion av SARS-CoV-2 och mätningar av SARS-CoV-2-specifika antikroppar efter infektion eller vaccination. Undersökningarna omfattar ett slumpmässigt urval av deltagare i befolkningen eller vid behov genom riktade urval.

Tabell 1. Tabell som anger antal prov som typas per månad med ersättning.
Region Antal prover per månad
Blekinge 30
Dalarna 55
Gotland 12
Gävleborg 55
Halland 65
Jämtland 25
Jönköping 70
Kalmar 47
Kronoberg 39
Norrbotten 48
Skåne 268
Stockholm 462
Södermanland 58
Uppsala 76
Värmland 54
Västerbotten 53
Västernorrland 47
Västmanland 53
Västra Götaland 334
Örebro 59
Östergötland 90
Summa riket 2 000

Metodik

För analys av prov genomförs nukleinsyrapåvisning med PCR enligt WHOs riktlinjer samt helgenomsekvensering. Prov för sekvensering väljs med avseende på geografisk och tidsmässig spridning. Vid stickprovsundersökningar används luftvägs- och kapillärprovtagning för påföljande PCR- och antikroppsanalys samt helgenomsekvensering. Den serologiska analysen inkluderar mätningar av mängden antikroppar mot olika SARS-CoV-2 proteiner inklusive mängden neutraliserande antikroppar.

Rapportering och analys

Förutom angivna intervall kan rapportering ske oftare om särskilda behov föreligger, exempelvis vid utbrott. Resultat finns tillgängliga via sjukdomsstatistik för respektive agens/sjukdom eller på utbrottssidan.

Läs mer

Mikrobiella och immunologiska övervakningsprogram

Publikation