Återrapportering av det nationella mikrobiologiska övervakningsprogrammet för Cryptosporidium 2022
LyssnaI denna rapport återrapporteras resultaten från det nationella mikrobiella övervakningsprogrammet för cryptosporidium 2022.
Bakgrund
I denna rapport återrapporteras resultaten från 2022 års nationella mikrobiella övervakningsprogram för Cryptosporidium. Syftet med programmet är att kartlägga vilka arter och subtyper som orsakar inhemsk smitta, att följa den molekylära epidemiologin på nationell nivå samt att öka kunskapen om Cryptosporidium i Sverige. Klinisk mikrobiologiska laboratorier uppmanades att under perioden augusti – november skicka in positiva Cryptosporidium-prover till Folkhälsomyndigheten. Inom det mikrobiologiska övervakningsprogrammet fastställs art för samtliga inkomna prov och majoriteten analyseras vidare för fastställande av subtyp. Analysen innefattar s.k. nested PCR följt av Sangersekvensering. Denna rapport finns även tillgänglig på Folkhälsomyndighetens webbplats.
Information om multiplex realtids-PCR samt material för typning
Med anledning av IVDR-direktivet och införandet och/eller användandet av kommersiella PCR-kit som inkluderar Cryptosporidium spp. är det viktigt att beakta begränsningar vid val av metod. Vissa kommersiella kit detekterar bara arter som är genetiskt närbesläktade till C. parvum och C. hominis. Vi vet av erfarenhet på Folkhälsomyndigheten att vissa kommersiella kit inte detekterar Cryptosporidium chipmunk genotype I. Viktigt är också att gällande vissa kommersiella kit har tillverkarna angett problem med falskt positiva prov i paneler med Cryptosporidium spp.
Rekommenderat material för molekylär typning är ofixerat feces, E-swabs eller extraherat DNA. Vi rekommenderar inte SAF- eller formalinfixerat feces då det inte alltid är kompatibelt med vår analys. Om SAF- eller formalinfixerat feces ändå skickas rekommenderar vi att provet tvättas så fort som möjligt.
I 2022 års mikrobiologiska övervakning har fler negativa prov detekterats på Folkhälsomyndigheten jämfört med tidigare år (10 procent av proverna blev art- och subtypning negativt jämfört med 4 procent 2021; 7 procent 2020 och 3,5 procent 2019).
Resultat
År 2022 inkom 364 prov för typning. I jämförelse med antalet anmälda inhemska fall i Sminet motsvarar inkomna prov till övervakningsprogrammet 66 procent av de positiva Cryptosporidiumproverna.
Tabell 1 visar de fem regioner med flest inkomna prov till övervakningsprogrammet.
| Antal | Region |
|---|---|
| 15 procent (n=56) | Östergötland |
| 14,8 procent (n=54) | Stockholm |
| 14 procent (n=50) | Halland |
| 10 procent (n=36) | Jönköping |
| 8,5 procent (n=31) | Uppsala |
De olika arter av Cryptosporidium som identifierades inom övervakningsprogrammet visas i tabell 2 och de fyra vanligaste subtyperna av C. parvum visas i tabell 3.
| Art och antal | Kommentar |
|---|---|
| C. parvum (82 procent; n=297) | Årligen den vanligaste arten att orsaka smitta i Sverige. |
| C. hominis (5 procent; n=20) | I flertalet av dessa fall misstänks utlandssmitta. |
| Cryptosporiidum chipmunk genotype I (2,5 procent; n=9) | Var 2020 den andra vanligaste arten att orsaka inhemsk smitta. |
| Övriga arter | Två fall av C. erinacei vars huvudvärd främst är igelkottar samt ett fall av Cryptosporidium horse genotype. |
| Subtyp och antal | Kommentar |
|---|---|
| IIaA15G2R1 (n=138) | Denna subtyp är vanligt förekommande även utomlands, både hos människor och kalvar, och har orsakat flertalet utbrott, dock ej tidigare i Sverige. Se avsnitt om nationellt utbrott. |
| IIaA16G1R1b (n=19) | En av våra vanligast förekommande subtyper. Påträffas även frekvent i kalvar. |
| IIdA22G1c (n=19) | Var i majoritet under den nationella ökningen av cryptosporidios hösten 2019 vars smittkälla fastställdes till råsaft med spenat. |
| IIdA20G1e (n=14) | Har inte tidigare år varit en av de fyra vanligaste C. parvum subtyperna. Var dock relativt vanlig under den nationella ökningen av cryptosporidios hösten 2019 där den påvisades hos fall som besökt julbord där grönkål misstänktes som smittkälla. |
Vi identifierade även en helt ny subtyp av C. parvum som har fått namnet IIaA15G1R1r1_variant.
Kluster
I februari upptäcktes ett antal fall av cryptosporidios (n=4) på en lantbruksskola i Uppsala län. Alla fall var infekterade med C. parvum subtyp IIaA14R1. Kontakt med kalvar misstänktes som smittkälla och provtagning på kalvar visade på infektion med samma art och subtyp som humanfallen. Denna subtyp är tidigare påvisad hos svenska kalvar (analys av kalvprover utfördes av Statens Veterinärmedicinska Anstalt).
I maj upptäcktes fall av cryptosporidios (n=3) hos personal på ett LSS-boende i Sörmland. Det fanns även olika djur som t.ex. lamm på boendet. Två fall typades och de var infekterade med C. parvum subtyp IIaA14G1R1r1. Lamm på boendet provtogs, men var negativa för Cryptospordium, dock provtogs inte lammet som misstänktes vara orsaken till smittan varvid närkontakt med lamm är endast trolig som smittkälla.
I juni upptäcktes fall av cryptosporidios (n=4) hos elever och lärare efter ett besök med närkontakt med kalvar på en gård i Jönköpings län. Två fall typades och de var infekterade med C. parvum subtyp IIaA15G2R1. Det togs inga prov från kalvar på gården, men det är högst troligt att kalvar var smittkällan.
Nationellt utbrott
Med början i september sågs en ökning av antalet fall av cryptosporidios och en nationell utbrottsutredning initierades. 15 av 21 regioner rapporterade fall med majoriteten av fall i länen Jönköping, Halland, Västra Götaland samt Östergötland. 107 fall artbestämdes och subtypades och infektion med C. parvum subtyp IIaA15G2R1 konstaterades. Med hjälp av epidemiologiska analyser kunde blandsallad innehållandes frisésallad konstateras som trolig smittkälla.