Återrapportering av det nationella mikrobiologiska övervakningsprogrammet för cryptosporidium 2021

Om rapporten och övervakningsprogrammet

I denna rapport återrapporteras resultaten från 2021 års nationella mikrobiella övervakningsprogram för Cryptosporidium. Syftet med programmet är att kartlägga vilka arter och subtyper som orsakar inhemsk smitta, att följa den molekylära epidemiologin på nationell nivå samt att öka kunskapen om Cryptosporidium i Sverige. Klinisk mikrobiologiska laboratorier uppmanas att under perioden augusti – november skicka in positiva Cryptosporidium-prover till Folkhälsomyndigheten. Inom det mikrobiologiska övervakningsprogrammet fastställs art för samtliga inkomna prov och majoriteten analyseras vidare för fastställande av subtyp. Analysen innefattar s.k. nested PCR följt av Sangersekvensering.

Viktig information om multiplex realtids-PCR

Med anledning av IVDR-direktivet och införandet och/eller användandet av kommersiella PCR-metoder som inkluderar Cryptosporidium spp. är det viktigt att beakta valet av metod. Vissa kommersiella metoder är designade och utvecklade för att detektera arterna C. parvum, C. hominis samt andra genetiskt närbesläktade arter. Arter genetiskt olika C. parvum och C. hominis såsom exempelvis Cryptosporidium chipmunk genotype I detekteras inte. I en studie av Autier et al. som jämförde tre olika kommersiella realtids-PCR metoder kunde endast en av tre metoder detektera C. canis och C. felis (hund respektive katt som huvudsakliga värddjur), två arter som är genetiskt olika C. parvum och C. homnis. Av erfarenhet på Folkhälsomyndigheten vet vi att vissa kommersiella metoder inte heller detekterar Cryptosporidium chipmunk genotype I.

Folkhälsomyndigheten föreslår att vid användning av metoder som inte detekterar alla Cryptosporidium spp. bör ett negativt PCR-resultat vid fortsatt misstanke om cryptosporidios bekräftas med mikroskopi alternativt med annan realtids-PCR metod (kan t.ex. skickas till Folkhälsomyndigheten för analys). Folkhälsomyndigheten kan även erbjuda en panel av extraherat DNA från prover innehållandes arter genetisk olika C. parvum och C. hominis för utvärdering av realtids-PCR metoder.

Övervakningsprogrammet och typningsresultat 2021

År 2021 inkom 155 prov, vilket är en minskning jämfört med tidigare år (2018 n=283, 2019 n=299 och 2020 n=274). I jämförelse med antalet anmälda inhemska fall i Sminet 2021 motsvarar 155 inkomna prov 38 % av de positiva Cryptosporidiumproverna. För 2020 inkom 50 %, 2019 93 % (den nationella ökningen av cryptosporidios 2019 är inte inräknat) och 2018 80 %. Sedan övervakningsprogrammets start 2018 har antalet inkomna prover således årligen minskat. Denna minskning skulle till viss del kunna vara en effekt av covid-19 pandemin som krävt stora resurser av landets kliniskt mikrobiologiska laboratorier.

Majoriteten av prov 2021 kom från region Halland (26 %), Östergötland (20 %), Jönköping (13 %) och Uppsala (10 %).

Majoriteten av fallen var orsakade av C. parvum (82 %; n=128) följt av C. hominis (n=9). I flertalet av fallen med C. hominis misstänks dock utlandssmitta. Viktigt att beakta var att det 2020 inte detekterades några fall av C. hominis utan den andra vanligaste arten var istället Cryptosporidium chipmunk genotype I. 2021 representerade fall med Cryptosporidium chipmunk genotype I den tredje vanligaste arten att orsaka infektion (n=7).

Vi identifierade även två fall av den ovanliga arten C. cuniculus vars huvudvärd är kaniner och ett fall vardera av C. erinacei vars huvudvärd främst är igelkottar och C. ubiquitum vars värd är till exempel rådjur.

Kluster och utbrott

I januari 2021 upptäcktes flera fall av cryptosporidios på ett äldreboende (n=23) och i mars 2021 upptäcktes flera fall bland elever och personal vid två skolor i Habo, Jönköpings län. 14 fall artbestämdes och subtypades. Utbrottet orsakades av C. parvum varav 11 fall var IIdA23G1, två fall var IIaA18G1R1b_variant och ett fall var IIdA21G1. Smittskyddsenheten och kontoret för Miljö och Hälsa i Jönköping misstänkte tidigt grönkål som smittkälla som spårades till en lokal odlare. Grönkål hade tillhandahållits till äldreboendet samt sålts på lokal torgmarknad. Grönkål analyserades av SVA och C. parvum påvisades. Kontoret för Miljö och Hälsa i Jönköping provtog även spillning från rådjur och gnagare från grönsaksodlingen, men orsaken till kontamination av livsmedlen kunde inte kartläggas. För fallen av cryptosporidios i mars misstänktes vitkål som smittkälla dock utan konfirmation.

Pågående projekt

Det pågår två metodrelaterade utvecklingsprojekt gällande Cryptosporidium på Folkhälsomyndigheten. Nuvarande typningsmetod inkluderar sekvensering med Sangermetod och målet är att till övervakningsperiod 2022 ha utvecklat en metod för NGS (Next Generation Sequencing). Vi ser även över möjligheten att utveckla en högupplöst sekvenseringsmetod för C. parvum i syfte att öka förståelsen för den molekylära epidemiologin samt för att bättre kunna bistå vid utbrottsutredningar och smittspårningar. Det är i dagsläget oklart när metoden kommer att tas i bruk.

Insamling till det mikrobiologiska övervakningsprogrammet för Cryptosporidium 2022 är perioden 1 augusti ­– 30 november.

Läs mer

Information om de mikrobiella övervakningsprogrammen