Mikrobiologisk övervakning av campylobacter

Syftet med insamlingen var kunskapsuppbyggnad inom molekylär epidemiologi och kartläggning av genetiska kluster. Insamlingen inkluderade jämförande analyser med campylobacter från kycklingflockar (SVA) och kycklingkött (SLV). Från och med 2022 pausas programmet och resultaten sammanställs och utvärderas i en rapport.

Antibiotikaresistens hos campylobacter jämförelse mellan isolat från kycklingkött och från patienter

Folkhälsomyndigheten och Livsmedelsverket har tillsammans undersökt antibiotikaresistens hos campylobakter med hjälp av bioinformatisk analys av sekvenseringsdata. Syftet var att undersöka förekomsten av kända genetiska markörer (gener och kromosomala mutationer) för antibiotikaresistens hos campylobakter, samt att undersöka i vilken grad olika resistensmarkörer hos campylobakter från kycklingkött och från patienter stämmer överens, och ifall besläktade campylobakter från dessa båda provtyper kunde kopplas till ett visst mönster av antibiotikaresistens. Projektet utvärderade också förmågan hos olika bioinformatiska verktyg och tillhörande databaser avsedda för resistensbestämning att hitta resistensmarkörer.

Inget av isolaten av C. jejuni från varken kött eller patienter innehöll markörer för resistens mot makrolider och samma typer av markörer för resistens mot antibiotikaklasserna kinoloner, tetracykliner och aminoglykosider återfanns hos C. jejuni från både kycklingkött och patienter. Markörer för resistens var klart vanligast förekommande hos C. jejuni från utländskt kött och patienter som smittats utomlands. Klusteranalyser för att undersökta genetiskt släktskap mellan C. jejuni från kycklingkött och från patienter visade att närbesläktade isolat bar på samma typ av resistensmarkörer alternativt saknade markörer, framför allt isolat från svenskt kycklingkött och patienter som rapporterats smittade i Sverige.

Utvärdering av förmågan hos de använda bioinformatiska verktygen och tillhörande databaser för resistensbestämning visade att AMRFinderPlus detekterade fler resistensmarkörer i generellt fler isolat av Campylobacter spp. än ResFinder och staramr.

• Rapport Antibiotikaresistens hos campylobacter – Jämförelse mellan isolat från kycklingkött och från patienter (Livsmedelsverket.se)

Epidemiologiska insamlingsrapporter

Epidemiologisk typning av campylobacterisolat insamlade vecka 11 2018 (PDF, 580 kB)

Epidemiologisk typning av campylobacterisolat insamlade vecka 34 2017 (PDF, 447 kB)

Epidemiologisk typning av campylobacterisolat insamlade vecka 11 2017 (PDF, 478 kB)

Campylobacter från butik och klinik 2019

Isolaten från insamling vecka 11 och 34 2019 ingår i en gemensam rapport från Folkhälsomyndigheten och Livsmedelsverket.

Campylobacter från butik och klinik – jämförelser 2019

Typning med helgenomsekvensering visade att över hälften av humanisolaten klustrade med ett eller fler isolat under högsäsong (insamling vecka 34) medan denna andel var avsevärt lägre (20 procent) under lågsäsong (insamling vecka 11). Samtliga kluster innefattade isolat från olika regioner vilket tyder på gemensam smittkälla med bred geografisk distribution. Detta var framför allt tydligt från resultaten vid högsäsong.

Jämförande analyser mellan humanisolat från vecka 34 och isolat från färsk kyckling från butik införskaffat vecka 31-33 visade att 33 procent av humanfallen kunde kopplas till kycklingkött. Den absoluta merparten av dessa humanisolat klustrade med svensk konventionellt uppfödd kyckling, framför allt till produkter från slakteri F38. Ekologisk kyckling kunde kopplas till ett fåtal humanfall medan utländsk kyckling inte var förknippad med ett enda. Att en stor del av fallen kan kopplas till svensk konventionell kyckling beror sannolikt på att dessa produkter dominerar den svenska marknaden.

Resultaten för 2019 överensstämmer till stor del med de tidigare undersökningarna från 2017 och 2018, det vill säga att cirka en tredjedel av humanisolaten kan kopplas till svensk kyckling. I Sverige är campylobacterinfektion vanligast under augusti, vilket är samma period då andelen campylobacterpositiva kycklingar är som högst. Trots att en tredjedel av humanfallen kunde kopplas till kyckling, har inget pågående utbrott detekterats under sommarperioderna vid respektive provtagningstillfälle.

Campylobacter från butik och klinik 2018

Isolaten från insamling vecka 34 ingår i en gemensam rapport från Folkhälsomyndigheten och Livsmedelsverket.

Campylobacter från butik och klinik - jämförelser i augusti 2018

Isolaten som ingick i analysen (n=98) representerade 17 av landets 21 regioner. Den vanligaste sekvenstypen (ST) var ST-257. Denna sekvenstyp orsakade ett vinterutbrott i Sverige 2015 där de genetiska analyserna pekade på att en stor kycklingproducent utgjorde källan. Totalt klustrade 44 procent av isolaten i olika typer av större och mindre kluster. Samtliga kluster innefattade isolat från olika län/regioner vilket tyder på att gemensam smittkälla för respektive kluster varit geografiskt spridd. Rapporten visar vidare att 30 procent av patientisolaten är genetiskt mycket nära besläktade med isolat från färskt kycklingkött. Merparten av sjukdomsfallen som hade samma typ av campylobacter som återfanns på kyckling, kunde härledas till svensk konventionellt uppfödd kyckling. Sammantaget belyser resultaten att ett förstärkt arbete mot campylobactersmitta i kycklingproduktionen, framför allt hos stora producenter, skulle minska antalet fall med campylobacterinfektion hos människa.

Campylobacter från butik och klinik 2017

Isolaten från övervakningsprogrammet 2017 ingår i en gemensam rapport från Folkhälsomyndigheten och Livsmedelsverket.

Campylobacter från butik och klinik – jämförelser under och efter utbrottet 2016–2017

Rapporten redovisar resultaten från de mikrobiologiska analyserna av campylobacter från patientisolat samt isolat från färskt kycklingkött från butik under och efter det stora campylobacterutbrottet (2016–2017). Syftet med analyserna var att förtydliga orsakerna till utbrottet och även den starka koppling som finns mellan förekomst av campylobacter i kycklingkött och sjukdomsfall hos människor. Resultaten visar att utbrottstammen (ST-918) härrörde från Sveriges största kycklingslakteri. Utbrottsstammen fanns fortfarande kvar ett halvår (augusti 2017) efter det att problem med förorenade transportburar identifierats, den var spridd bland ett flertal gårdar och den orsakade alltjämt betydande sjuklighet i befolkningen.

Om typningstekniken

Campylobacterisolat typas med helgenomsekvensering, den metod som har den mest detaljerade upplösningen av tillgängliga typningstekniker. I det första steget i analysen definieras och indelas isolaten i så kallade sekvenstyper (ST-typer). Detta är en uppdelning enligt en sedan tidigare internationellt etablerad teknik, multi locus sequence typing (MLST) som är en grövre uppdelning. I den analysen identifieras skillnader i sju gener och utifrån detta erhålls en ST-typ som består av ett löpnummer. Utöver MLST-analys görs även en klusteranalys, en så kallad Single Nucleotide Polymorphism (SNP)-analys, där man jämför isolatens gemensamma arvsmassa inom ST-grupperna i detalj och identifierar skillnader mellan enskilda nukleotider.