Fördjupad mikrobiologisk information 2016
LyssnaI detta avsnitt presenteras fördjupad information om mikrobiologiska analyser på Folkhälsomyndigheten för 2016.
Redovisningen är en komplettering till de årsrapporter av anmälningspliktiga smittsamma sjukdomar 2016 som Folkhälsomyndigheten publicerat. I avsnittet presenteras kortfattat aktuella resultat från de mikrobiella och immunologiska övervakningsprogrammen samt valda delar av diagnostik och studier som utförs på myndigheten. Grundläggande information om de nationella mikrobiella övervakningsprogrammen och diagnostik samt övriga mikrobiologiska analyser finns tillgängliga på myndigheten under Mikrobiologi & laboratorieanalyser.
Anmälningspliktiga sjukdomar – Årsrapporter 2016
Mikrobiologi och laboratorieanalyser
Amöba 2016
Rapporteringen av E. histolytica har varit och är fortfarande till del missvisande. Det är inte möjligt att skilja mellan cystor av E. histolytica och E. dispar vid mikroskopi. Trots detta har endast mikroskopiskt fynd av cystor använts som kriterium för anmälan vid flera kliniska laboratorier. Fall med E. dispar har alltså inkluderats i statistiken. De senaste åren har dock några kliniska laboratorier börjat använda multiplex PCR, en metod som endast diagnosticerar E. histolytica. En ökad medvetenhet på laboratorierna om att inte rapportera fall som endast mikroskoperats samt införandet av PCR bidrar därmed förmodligen till minskningen av antalet rapporterade fall.
Entamoeba histolytica (amöbainfektion) – sjukdomsstatistik
Brucellos 2016
Inom ramen för den diagnostiska verksamheten utför Folkhälsomyndigheten diagnostik av brucellainfektion genom serologi, nukleinsyrepåvisning och odling. Den absoluta merparten av anmälda fall av brucella är diagnosticerade genom serologi. För närvarande finns det 10 arter och 23 biovarer beskrivna av Brucella spp och arterna är mestadels värdspecifika varav endast ett fåtal anses vara humanpatogena. För 2016 artbestämdes 14 fall och alla var av arten B. melitensis. Alla 14 isolaten resistensbestämdes med E-test mot ciprofloxacin, doxycycline, gentamycin, rifampicin och trimsulfa. och samtliga isolat var känsliga (i enlighet med de tentativa brytpunkter som tagits fram inom ramen för gemensamma europeiska samarbetsprojekt, i avvaktan på att EUCAST ska fastställa sådana).
Clostridioides difficile 2016
C. difficile ingår i Folkhälsomyndighetens mikrobiella övervakningsprogram. Från och med 2009 insamlas samtliga C. difficile-isolat framodlade under vecka 11 samt vecka 39 och undersöks med resistensbestämning och PCR ribotypning. Under 2016 skickade laboratorierna in totalt 392 C. difficile-isolat (n=413 för 2015). Insamlingen som är ett stickprov som motsvarar cirka 4 procent av det totala antalet fall i Sverige.
Av de typer som förekommer i landet är typ 014 fortsatt den dominerade, dock har typ 002 blivit lika vanlig som typ 014 under 2016 (figur 1). Orsaken till ökningen är okänd men typ 002 är en typ som har minskad känslighet för att detekteras med ELISA-diagnostik. En successiv övergång till PCR-diagnostik kan vara en möjlig förklaring till ökningen. Under 2016 stod de 15 vanligaste typerna för 69 procent av alla insamlade typer, motsvarande siffra för de 15 vanligaste typerna 2015 och 2014 var 73 respektive 66 procent. Ingen större variation har noterats i det totala antalet olika PCR ribotyper som typades under 2016 (84), jämfört med 2015 (82) och 2014 (83). Under 2016 identifierades ingen typ som var geografiskt snedfördelad i ett specifikt län och ingen misstanke om större nationella utbrott föreligger.
Figur 1. Relativ förekomst av de 15 vanligaste ribotyperna i Sverige 2013–2016. Data är sorterade efter 2016 års resultat.
Mer information finns även att läsa i den fullständiga årsrapporten, inklusive en historisk analys av nationell spridning av moxifloxacinresistent typ 017.
Clostridioides difficile årsrapport 2016
Clostridioides difficile-infektion – sjukdomsstatistik
Cryptosporidium 2016
År 2016 utfördes artbestämning och subtypning på Folkhälsomyndigheten framförallt för fall smittade i Sverige vid utbrott och smittspårning men i enstaka fall även för smittade i utlandet. Totalt typades 33 fall. Alla artbestämda fall under 2016 var C. parvum. Följande subtyper av C. parvum identifierades: IIaA16G1R1b, IIaA17G1R1, IIaA18G1R1, IIaA22G1R1, IIdA20G1, IIdA21G1, IIdA22G1c, IIdA24G1 och IIdA27G1.
Clostridioides difficile-infektion – sjukdomsstatistik
Difteri 2016
Inom ramen för den diagnostiska verksamheten utför Folkhälsomyndigheten diagnostik av difteri. År 2016 testades 20 isolat av korynebakterier för toxinbildning med Elek-test respektive förekomst av toxingen med PCR. I 4 isolat kunde toxinbildande förmåga påvisas: två isolat var C. diphtheriae och två C. ulcerans. Laboratoriernas val av diagnostiska metoder spelar stor roll för detektion av korynebakterier. Vid övergång till nyare metoder, såsom MALDI-TOF, påvisas ett bredare spektrum av agens i provmaterialet vilket kan påverka i vilken utsträckning korynebakterier påträffas.
Echinokockinfektion 2016
Inom ramen för den diagnostiska verksamheten utför Folkhälsomyndigheten diagnostik av Echinococcus genom serologi med Western Blot och ELISA. Dessutom kan Folkhälsomyndigheten vidarebefordra biopsier och annat material för utförande av Echinococcus PCR och artbestämning vid laboratorium i utlandet. Flera laboratorier i Sverige kan utföra mikroskopi på cystvätska. Western Blot-metoden kan i några fall ge en indikation på vilken art det är tal om, men i de flesta fall krävs en kombinationen av epidemiologi, bilddiagnostik och serologi för att ge svar på om infektionen orsakats av E. granulosus (hundens dvärgbandmask) eller E. multilocularis (rävens dvärgbandmask).
Under 2016 rapporterades 27 fall och alla utom ett fall bedömdes ha orsakats av E. granulosus.
Echinokockinfektion – sjukdomsstatistik
Ehec 2016
Ehec ingår i Folkhälsomyndighetens mikrobiella övervakningsprogram och sedan juni 2016 används helgenomsekvensering som standardmetod. För att epidemiologisk typning ska kunna utföras måste bakterierna först isoleras. Att isolera ehec‑bakterier är svårt på grund av att man letar E. coli bland andra E. coli där kolonimorfologin kan se likadan ut. Erfarenhetsmässigt så ligger den årliga andelen isolerade bakterier på ungefär 60 procent för samtliga mikrobiologiska laboratorium i landet, där cirka hälften utför detta. Resterande andel anmäls med enbart nukleinsyrapåvisning som metod. Variationen är stor mellan olika laboratorier gällande isoleringsfrekvens och den största orsaken är att kriterierna för isolering varierar mellan laboratorierna i länen. Huruvida prov skickas vidare till annat laboratorium för isolering efter positiv PCR kan också påverka resultaten. Provmaterialet kan exempelvis ha påverkats på grund av hanteringen så att ehec inte längre går att isolera.
Under 2016 utfördes typning på 377 av de totalt 637 anmälda ehec-fallen (59 procent). Trehundraelva av de typade fallen var smittade i Sverige vilket motsvarar 67 procent av alla rapporterade fall smittade i Sverige (figur 2). För de fall som smittats utomlands typades 58 stycken (38 procent, figur 3). För 16 fall var smittland okänt och hälften av dessa typades. De vanligaste serotyperna var O26:H11, O103:H2 och O157:H7 för fall smittade i Sverige (figur 2). Dessa tre serotyper förekom i olika utbrottsutredningar. För fall smittade utomlands var serotyperna O157:H7 och O103:H2/H8/H11 vanligast (figur 3). Dessa typer har även historiskt varit bland de mest förekommande. Under 2016 sågs en tydlig skillnad i isoleringsfrekvens mellan inhemska och utlandssmittade fall (figur 2 och 3). Vad detta beror på är inte helt klarlagt men en orsak kan vara att olika län har olika screeningskriterier.
Figur 2. Fördelning över fall smittade i Sverige uppdelat efter typningsresultat (n=465) under 2016. Kategorin ”Övriga” inkluderar serotyper med 1–8 isolat per serotyp.
Figur 3. Fördelning över fall smittade utomlands uppdelat efter typningsresultat (n=156) under 2016. Kategorin ”Övriga” inkluderar serotyper med 1–2 isolat per serotyp.
Den vanligast förekommande shigatoxinsubtypen under 2016 var stx1a med hela 94 procent av alla stx1-subtyper. Ser man till fördelningen över samtliga isolat så var 51 procent av de typade fallen stx1a, (figur 4). Två utbrott med O26:H11 respektive O103:H2 var en bidragande orsak till detta (länk). Den näst vanligaste shigatoxinsubtypen var stx2a (13 procent av de typade fallen).
Figur 4. Fördelning över shigatoxinsubtyper för samtliga isolat som inkommit till Folkhälsomyndigheten för serotypning under 2016 (n=377).
Tidigare erfarenheter pekar på att det i stort enbart är subtyper hos stx2 som är förknippade med den allvarliga komplikationen hemolytiskt uremiskt syndrom (HUS). Under 2016 anmäldes 19 fall av HUS och 13 av dessa kunde serotypas (tabell 1). Den vanligaste serotypen var O157:H7 med fem typade isolat. Fyra av dessa tillhörde två olika utbrott och var en inhemsk variant av O157:H7 (klad 8), en variant mer förknippad med svårare sjukdom. Två av HUS-fallen var smittade med O121:H19, en serotyp vanligt förekommande hos HUS-fall i Sverige. Nio av de 13 typade HUS-fallen hade shigatoxin-subtypen stx2a, en subtyp förknippad med en mer allvarlig klinisk bild. Av de sex HUS-fall som inte kunde serotypas tillhörde tre fall två olika utbrott av O157:H7. Dessa fall hade en stark epidemiologisk koppling till utbrotten. De resterande tre icke isolerade HUS-fallen var alla PCR-positiva för stx2. Sett till fallen för 2016 så stärker detta bilden av att stx2, och fram för allt stx2a, men även kombinationen stx2a och 2c kan ge upphov till en allvarligare klinisk bild.
| Subtyp av Shigatoxin | Serotyp | stx1a | stx1c+stx2b | stx2a | stx2b |
|---|---|---|---|---|---|
| O113:H4 | – | 1 | – | – | – |
| O121:H19 | – | – | 2 | – | – |
| O145:H28 | – | – | 1 | – | – |
| O157:H7 | – | – | 1 | 4 | – |
| O182:H25 | 1 | – | – | – | – |
| O21:H21 | – | – | – | – | 1 |
| O26:H11 | 1 (Fecesprov var initialt även PCR-positivt för stx2) | – | 1 | – | – |
| Totalsumma | 2 | 1 | 5 | 4 | 1 |
Enterohemorragisk E. coli infektion (ehec) – sjukdomsstatistik
Enterovirus (Enterovirus-meningoencefaliter) 2016
Enterovirus övervakning ingår i Folkhälsomyndighetens mikrobiella övervakningsprogram för polio. Typning utfördes för 256 prov från 236 patienter under 2016. Av dessa kom 128 prov från patienter med enterovirusorsakad meningoencefalit (50 procent). Bland alla prover som typades var de fem vanligast förkommande enterovirustyperna under 2016 Human Enterovirus A (HEV-A) serotyp 71 (EV-A71) (9 procent); Human Enterovirus B (HEV-B) serotyp Coxsackievirus -B5 (CV-B5) (8 procent) och Echovirus 30 (E-30) (6 procent) samt Human enterovirus D (HEV-D) serotyp 68 (EV-D68) (5 procent). EV-D68 detekterades endast i nasopharynxprover. Se figur 5. Fördelningen av serotyper visade variation beroende av vilket provmaterial som analyserades: E-30 var den vanligast förekommande serotypen i likvorprov (11 procent) följt av CV-B5 (10 procent) och E-6 (7 procent). I avföringsprov/isolat var EV-A71 (14 procent) och CV-B5 (14 procent) de vanligast förekommande serotyperna, följt av E-30 (10 procent) och E-6 (10 procent).
Figur 5. De fem vanligast förekommande enterovirustyperna 2012–201.
Viral meningoencefalit – sjukdomsstatistik
Karbapenemasproducerande Enterobacteriaceae (ESBL-CARBA) 2016
ESBL-CARBA ingår i Folkhälsomyndighetens mikrobiella övervakningsprogram. Fall av Enterobacteriaceae med ESBL-CARBA är anmälningspliktiga enligt smittskyddslagen och under 2016 utfördes helgenomsekvensering på alla isolat från fall rapporterade i SmiNet. Den dominerande enzymtypen var OXA-48 och detta enzym hittades i både E. coli och K. pneumoniae isolat, i de flesta fall tillsammans med CTX-M (= ESBLA) och/eller pAmpC CIT (= ESBLM) enzymer (figur 6). För fall smittade i Sverige var det nästan lika många fall som bar på bakterier med enzymtyperna OXA-48 och NDM, 17 respektive 15 fall. Båda typerna har ökat de senaste åren.
Figur 6. Antal isolat av ESBL-CARBA- producerande E. coli, K. pneumoniae och övriga arter inom familjen Enterobacteriaceae 2012–2016. En fördelning av enzymtyper inom respektive art och år visas i stapeldiagrammet.
Bland de 34 fall som bedöms som smittade i Sverige visar analys av helgenomsekvensering två mindre separata kluster av genetiskt mycket nära besläktade isolat från fall spridda i olika landsting.Det nära genetiska släktskapet indikerar att fallen inom de två separata klustren kan ha en gemensam smittkälla (figur 7). Vid en första epidemiologisk kartläggning kan dock ingen koppling fallen emellan identifieras, undantaget några enstaka kända smittkedjor.
Det nära genetiska släktskapet indikerar att fallen inom de två separata klustren kan ha en gemensam smittkälla. Vid en första epidemiologisk kartläggning kan dock ingen koppling fallen emellan identifieras, undantaget några enstaka kända smittkedjor.
ESBL-CARBA – sjukdomsstatistik
Gonorréinfektion 2016
Under 2016 utfördes fullständig karaktärisering med resistensbestämning av Neisseria gonorrhoeae-isolat från 601 gonorréfall (ett bakterieisolat per fall), motsvararande 34 procent av alla rapporterade gonorréfall i Sverige. Analyserna gjordes på det Nationella referenslaboratoriet för patogena neisseria vid Universitetssjukhuset Örebro och Mikrobiologiska laboratoriet på Skånes universitetssjukhus.
Höggradig resistens mot ciprofloxacin påvisades hos 53 procent av isolaten. Cirka en procent av stammarna var resistenta mot cefixim och tre procent var resistenta mot azitromycin. Inga isolat resistenta mot ceftriaxon eller spektinomycin identifierades.
Resistensen mot ceftriaxon och cefixim har minskat de senaste tre åren, vilket också har observerats i många andra länder. Detta är lovande men några större slutsatser kan inte dras från detta och fortsatt övervakning nationellt och internationellt är nödvändigt för att följa utvecklingen. Resistensen mot azitromycin som legat runt minst 10 procent sedan 2010 minskade också under 2016.
Hepatit A 2016
Hepatit A ingår i Folkhälsomyndighetens mikrobiella övervakningsprogram. År 2016 utfördes molekylär typning med sekvensering av 18 fall och utöver detta rapporterade Sahlgrenska laboratoriet i Göteborg typningsresultat för sex fall. Molekylär släktskapsanalys av virussekvenserna påvisade sporadiska stammar av olika subgenotyper (figur 8). Den vanligaste subgenotypen var IB (75 procent) följt av IIIA (17 procent) och IA (8 procent). Se även tabell 2.
| Smittland | IA | IB | IIIA |
|---|---|---|---|
| Smittade i Sverige | 1 | 8 | 2 |
| Utlandssmittade | 1 | 8 | 2 |
| Okänt smittland | 0 | 2 | 0 |
| Totalt | 2 | 18 | 4 |
Figur 8. Fylogenetiskt träd av hepatit A.
Ladda ned fylogenetiskt träd av hepatit A 2016 (PDF, 141 kB)
Hepatit B 2016
Sedan 2013 pågår en övervakningsstudie där Folkhälsomyndigheten tar emot prov från fall med akut hepatit B-infektion. År 2016 genotypades 70 prover. Genotypfördelningen var; genotyp D (40 procent), genotyp A (27 procent), genotyp C (14,5 procent), genotyp F (7 procent), genotyp E (4 procent), och rekombinant genotyp C/D (1,5 procent). Av dessa tillhörde 16 fall utbrott 1 och åtta fall utbrott 2 (se länk). Se figur 9.
Inga mutationer som orsakar antiviral resistens och ingen ”vaccine escape” mutation (mutation i virusets arvsmassa som leder till att vaccinet är verkningslöst) påvisades hos de analyserade stammarna.
Figur 9. Fylogenetiskt träd av hepatit B.
Ladda ned fylogenetiskt träd av hepatit B 2016 (PDF, 116 kB)
Hepatit C 2016
Det bedrivs ingen molekylär övervakning av hepatit C vid Folkhälsomyndigheten. För publicerade studier under 2016, se länkar nedan.
Influensa 2015–2016
Influensa ingår i Folkhälsomyndighetens mikrobiella övervakningsprogram. Säsongen 2015–2016 dominerades av influensa A(H1N1)pdm09 med en mindre våg av influensa B/Victoria mot slutet av säsongen. Under säsongen sågs en hög aktivitet, men något färre laboratorieverifierade fall jämfört med föregående intensiva säsong. Totalt sett var 74 procent av fallen influensa A. Av de prover som subtypades var 95 procent A(H1N1)pdm09. Bland de influensa B-positiva prover som analyserades för linjelikhet visade sig 92 procent höra till linjetypen B/Victoria.
Viruskarakteriseringen av prov från sentinelprovtagningen och från laboratorier i landet visade att de flesta cirkulerande stammar av A(H1N1)pdm09, A(H3N2) och B/Yamagata liknade de stammar som ingick i det trivalenta säsongsinfluensavaccinet, och att B/Victoria-stammarna liknade vaccinstammen som ingick i det fyrvalenta vaccinet. Eftersom B/Yamagata ingick i det trivalenta vaccinet gav det inget skydd mot den cirkulerande B/Victoria-stammen.
Inom sentinelprovtagningen påvisades vaccinationsgenombrott i 11 procent av de positiva proverna, med en medianålder på 67,5 år.Inom laboratorierapporteringen var endast 2 av 136 fall med A(H1N1)pdm09 resistenta mot antiviralen oseltamivir, och båda de proverna var tagna från patienter som behandlats med oseltamivir. Inga av de andra analyserade proverna (41 A(H3N2), 53 B/Victoria och 12 B/Yamagata) visade resistens mot de två neuraminidashämmarna oseltamivir och zanamivir.
Invasiv infektion med grupp A streptokocker (iGAS) 2016
Invasiva GAS ingår i Folkhälsomyndighetens mikrobiella övervakningsprogram och isolat insamlas och typas under perioden februari till och med april varje år. GAS kan karaktäriseras bland annat med avseende på emm-typ (sekvensbaserad typning av M-proteinet), viken är den typningsmetod som framförallt används i dag runt om i världen.
År 2016 emm-typades isolat från 48 % (n=301) av alla anmälda iGAS-fall. Typningen utfördes av två laboratorier. Som vanligt typade Skåne nästan alla sina fall (93 av totalt 96 fall). Folkhälsomyndigheten typade resterande isolat där merparten var från den årliga insamlingen av isolat, provtagna under februari-april. Från de 199 rapporterade fallen under perioden typades 184 isolat (92 %). Under perioden identifierades 27 olika emm-typer varav de sex vanligaste typerna återfanns hos 77 procent av isolaten. Bland de typade isolaten februari–april 2016 var den vanligaste typen emm1 (32 procent) följt av typ emm28 (14 procent) och emm89 (10 procent).
Mer information finns i Invasiva grupp-A streptokocker säsongsrapport 2015-2016
Betahemolytiska grupp A-streptokocker (GAS) (invasiv) – sjukdomsstatistik
Invasiv infektion med Haemophilus influenzae (iHi) 2016
Invasiv infektion av Hi ingår i Folkhälsomyndighetens mikrobiella övervakningsprogram. Sedan mars 2013 samlas enbart invasiv Hi-isolat från barn under fem år in för kontinuerlig typning. Insamling av alla invasiva stammar för avgiftsfri typning utförs omkring var femte år. År 2016 genomfördes en sådan nationell insamling av isolat för typning och 161 isolat inkom till Folkhälsomyndigheten. Bland de typade isolaten var 121 (75 procent) NTHi, 29 (18 procent) serotyp f, 6 (3,7 procent) serotyp e, 4 (2,5 procent) serotyp a och 1 isolat serotyp b (figur 10). Bland de tolv barnen yngre än fem år orsakades sju fall av NTHi; två barn hade typ a och två barn typ f. Typningsresultat saknas för ett av barnen.
Figur 10. Serotypsfördelning bland invasiva Hi-isolat 2007–2012 och 2016.
Haemophilus influenzae (invasiv) – sjukdomsstatistik
Invasiv meningokockinfektion 2016
Invasiv infektion av meningokocker ingår i Folkhälsomyndighetens mikrobiella övervakningsprogram och typningen utförs på referenslaboratoriet för patogena Neisseria vid Universitetssjukhuset Örebro. Av fallen var 57 odlingsverifierade och 4 diagnostiserade med PCR-teknik. För ett fall saknades uppgift om diagnostisk metod och provmaterial. I 47 fall påvisades N. meningitidis i blod, i 7 fall i likvor, i 6 fall i både blod och likvor och i 1 fall i en annan steril lokal. År 2016 utfördes epidemiologisk typning för 56 fall. Arton fall var orsakade av serogrupp Y, 18 av serogrupp W, 10 fall av B, 10 fall av C (figur 11). Serogrupp blev okänd för sex fall. Av personer som avled i sjukdomen hade tre (23, 51 respektive 90 år gamla) serogrupp W-infektion, två (< 1 och 19 år gamla) grupp B, två (76 och 85 år gamla) grupp Y och en (13 år) serogrupp C- infektion.
Alla odlingsverifierade MC-isolat har analyserats med E-test avseende MIC för penicillin G, cefotaxim, kloramfenikol, ciprofloxacin, rifampicin och meropenem.
Nedsatt känslighet för PcG (MIC > 0,064 mg/L) sågs i 16 av fallen (29,6 procent) vilket var en ökning jämfört med tidigare år (8,5 procent år 2015).Vidare genetisk karaktärisering av isolat av samma serogrupp är viktigt för att se om det finns dominerande kloner som sprider sig samt för att kunna identifiera eventuella kluster.
Figur 11. Antal rapporterade fall av invasiv meningokockinfektion per serogrupp 2007–2016.
Meningokockinfektion (invasiv) – sjukdomsstatistik
Invasiv pneumokockinfektion 2016
Invasiv infektion av S. pneumoniae ingår i Folkhälsomyndighetens mikrobiella övervakningsprogram. År 2016 utfördes epidemiologisk typning för isolat från 97 procent av fallen. De vanligaste serotyperna var i fallande ordning typ 3 (16 procent), 22F (11 procent), 19A, 9N, 8 (6 procent var), 12F, 6C (5 procent var) och 15A (4 procent). De fem vanligaste serotyperna har varit de samma i flera år. Av alla typade isolat tillhörde 31 procent dem som ingår i PCV13. Av isolat från fall i åldrarna 65 år och äldre tillhörde 66 procent serotyper som ingår i det 23-valenta polysackaridvaccinet. För barn har andelen vaccintyper i de tre vaccinerna PCV7, PCV10 och PCV13 successivt minskat (figur 12).
Figur 12. Serotypsfördelning bland typade isolat från fall av invasiv pneumokockinfektion bland barn under två år 2007–2016. PCV10 inte i PCV7: serotyper 1, 5 och 7F. PCV13 inte i PCV10: serotyper 3, 6A och 19A.
Pneumokockinfektion (invasiv) – sjukdomsstatistik
Legionella 2016
Legionella ingår i Folkhälsomyndighetens mikrobiella övervakningsprogram. Den absoluta merparten av fall anmälda enligt smittskyddslagen diagnosticeras via nukleinsyre- eller antigenpåvisning. År 2016 utfördes epidemiologisk typning med SBT av 16 fall av Legionella pneumophila. I två av fallen kunde legionellabakterier från miljön isoleras och typas och därmed visa på ett samband mellan fallet och en smittkälla i miljön. För ytterligare tre av fallen misstänktes utlandssmitta och därför kunde inget miljöisolat erhållas. Av de 16 patientisolat som analyserats under 2016 kom sex från Stockholms län och sex från Skåne län. Övriga fyra var från spridda delar av landet.
Den vanligast förekommande typen var sekvenstyp 1 (ST1) med sex fall inklusive två av de utlandssmittade (38 procent). Övriga tio fall tillhörde olika sekvenstyper. Fyra av dessa var sekvenstyper som inte tidigare rapporterats från Sverige (ST10, 487, 1361 och 2159). Andelen legionellafall som typas av Folkhälsomyndigheten är 15–20 procent av de rapporterade inhemska fallen per år, vilket gör att underlaget för vilka sekvenstyper som förekommer i Sverige och i vilken frekvens är relativt litet. Andelen fall som typas motsvarar andelen som diagnostiseras med odling eftersom typningen utgår från bakterieisolat.
Legionellainfektion – sjukdomsstatistik
Listeria (invasiv) 2016
Invasiv listeria ingår i Folkhälsomyndighetens mikrobiella övervakningsprogram. Under 2016 skickades samtliga listeriaisolat utom tre (96 procent) in för typning med helgenomsekvensering. Den vanligaste molekylära serotypen var IIa (75 procent) följt av IVb (20 procent), IIb (3 procent) och IIc (2 procent). De molekylära serotyperna kan i stort översättas till de klassiska serotyperna 1/2a, 4b, 1/2b samt 1/2c. Typ IIa har de senaste åren varit den dominerande serotypen i Sverige följt av IVb (figur 13).
Figur 13. Andel av molekylära serotyper av listeria i procent av samtliga typade isolat 2010–2016.
Förutom molekylär serotyp så kan även sekvenstyp, ST-typ, fås fram genom helgenomssekvensering. Olika ST-typer kan tillhöra samma serotyp (figur 14). Vissa ST-typer kan också kopplas till olika livsmedel, som t.ex. ST7 som förknippas med charkuterier och ST19 med fiskprodukter. Genom molekylära jämförelser inom samma ST-typ kan kluster påvisas och även kopplas till en misstänkt smittkälla.
Figur 14. Antal sekvenstyper (ST) av listeria fördelat på molekylära serotyper 2016.
Listeriainfektion – sjukdomsstatistik
Malaria 2016
Analys av malariaparasiter med mikroskopi utförs vid majoriteten av landets kliniska och mikrobiologiska laboratorier. Påvisande av Plasmodium-nukleinsyra i blod utförs primärt Karolinska universitetssjukhuset i Stockholm. På Folkhälsomyndigheten utförs analysen i första hand som differentialdiagnos till exempelvis ebolaprov på säkerhetslaboratoriet.
År 2016 var 85 fall (55 procent) infekterade med P. falciparum, samtliga smittade i Afrika. Av de 38 fall som hade P. vivax (25 procent) hade 7 smittats i Afghanistan (5 Etiopien, 5 Pakistan, 4 Eritrea, 4 Papua Nya Guinea). Under 2014 och 2015 ökade andelen P. vivax fall markant. Fallen utgjordes främst av asylsökande från Eritrea, Etiopien och Sudan. Andelen som smittats med P. vivax 2016 var betydligt lägre än 2014–2015 framförallt på grund av att flyktingströmmen inte var lika intensiv (figur 15).
Figur 15. Fördelning av malariatyper 2012–2016.
Meticillinresistent Staphylococcus aureus (MRSA) 2016
MRSA ingår i Folkhälsomyndighetens mikrobiella övervakningsprogram. År 2016 utfördes epidemiologisk typning, spa-typning i kombination med analys av PVL status, på isolat från 98 procent (n=4314) av alla anmälda MRSA fall. Av dessa isolat var 4283 (99 procent) typbara. För 370 av 4314 (8,6 procent) saknas PVL status. Under 2016 hade 46 procent (n=1833) av de anmälda fallen någon de tio vanligaste MRSA-varianterna; t304/PVL-negativ (n=478), t223/PVL-negativ (n=458), t044/PVL-positiv (n=203), t127/PVL-negativ (n=170), t008/PVL-positiv (n=128), t002/PVL-negativ (n=113), t386/PVL-negativ (n=90), t019/PVL-positiv (n=90), t690/PVL-positiv (n=64) och t021/PVL-positiv (n=39). Bland dessa var t304/PVL-negativ, t223/PVL-negativ och t021/PVL-positiv mer vanligt förekommande 2016 än under 2015.
Meticillinresistenta gula stafylokocker (MRSA) – sjukdomsstatistik
Mässling 2016
Mässling ingår i Folkhälsomyndighetens mikrobiella övervakningsprogram. Epidemiologisk typning utfördes för alla tre fall. Två fall tillhörde genotyp D8 och ett fall genotyp B3, vilket överensstämde med cirkulerande virusstammar i respektive smittland eller närliggande länder, i den mån stammar fanns att jämföra med (figur 16). För ett prov utfördes serologisk konfirmering (mässlingvirusspecifikt IgM och IgG) med god överensstämmelse. Resultatet bekräftades av WHO-laboratoriet i Berlin.
Figur 16. Fylogenetiskt träd av mässling.
Ladda ned fylogenetiskt träd av mässling 2016 (PDF, 29 kB)
Pneumokocker med nedsatt känslighet för penicillin G (PNSP) 2016
PNSP ingår i Folkhälsomyndighetens mikrobiella övervakningsprogram. Isolaten insamlas med den tidigare brytpunkten MIC ≥ 0,5 mg/L som gräns och under 2016 typades totalt 325 isolat, vilket är ungefär samma antal som 2015 (n=314). Serotypsfördelningen för dessa isolat var, i minskande ordning: 19F (21 procent), NT (icke-typbar) (15 procent), 23F (9 procent), 35B (9 procent), 19A (7 procent), 9N (5 procent), 6A (4 procent), 6B (4 procent), 9V (4 procent) and 11a (4 procent). Av dessa isolat täcks ca 54 procent av vaccin som ingår i barnvaccinationsprogrammet.
Av de 325 isolaten hade 67 isolat en MIC > 1 (anmälningspliktig enligt smittskyddslagen) varav 48 analyserades för serotyp. Av dessa tillhör 38 fall serotyper som täcks av de vaccin som ingår barnvaccinationsprogrammet. De två invasiva fallen (blod) var av serotyp 23F.
Pneumokockinfektion (PNSP) – sjukdomsstatistik
Påssjuka 2016
Påssjuka (parotit) ingår i Folkhälsomyndighetens mikrobiella övervakningsprogram. År 2016 utfördes epidemiologisk typning för 12 fall. Tio (83 procent) var av genotyp G och en vardera av genotyp H respektive K (figur 17). Genom åren har det nästan uteslutande varit parotitvirus av genotyp G som påvisats bland typade virusstammar. De fall av andra genotyper som påvisats har alla smittats utomlands eller av någon som nyligen varit utomlands. Merparten av utbrotten i Europa orsakas av genotyp G. För 9 prov utfördes serologisk konfirmering (parotitvirusspecifikt IgM och IgG) med utmärkt överensstämmelse.
Figur 17. Fylogenetiskt träd för påssjuka.
Ladda ned fylogenetiskt träd för påssjuka 2016 (PDF, 30 kB)
Rotavirus 2016
Rotavirus ingår i Folkhälsomyndighetens mikrobiologiska övervakningsprogram. Rotavirus orsakar gastroenterit hos främst barn i förskoleåldern, med en topp i åldersgruppen 6–24 månader. Liksom andra tarmvirus är det mycket smittsamt. Sedan 2006 finns två godkända vacciner mot rotavirus i Europa och Sverige. I flera Europeiska länder, men ännu inte i Sverige, ingår rotavaccin i barnvaccinationsprogrammen. Några landsting i Sverige har infört vaccination eller planerar för att införa vaccination.
För att få en stabil baslinje vid ett eventuellt införande av vaccination övervakas vilka genotyper som cirkulerar i Sverige. Rotavirussäsongen räknas från 1 september t.o.m. 31 augusti. Folkhälsomyndigheten har sedan 2007 samlat in 100–200 rotaviruspositiva prover per år på frivillig basis från mikrobiologiska laboratorier för typning av generna som uttrycker de virala ytproteinerna VP7 (G-typ) och VP4 (P-typ). Under säsong 2015/2016 har 203 rotavirusstammar genotypats. Genotypsdistributionen för säsong 2011/2012 till säsong 2015/2016 redovisas i figur 18 och 19.
Figur 18. Genotypsdistribution i Sverige säsong 2011/2012 till 2015/2016 för åldersgrupp < 5 år.
Figur 19. Genotypsdistribution i Sverige säsong 2011/2012 till 2015/2016 för åldersgrupp ≥ 5 år.
Bild saknas.
För säsong 2015/2016 är G3P[8] den vanligaste genotypen för barn < 5 år med en prevalens på 34,5 procent. G1P[8] ökat samtidigt som G9P[8] och G4P[8] minskade markant. G2P[4] är den genotyp som haft högst prevalens i åldersgrupp ≥ 5 år under de senaste säsongerna, men den vanligaste genotypen säsong 2015/2016 är G3P[8] (27,6 procent). Denna säsong har även G9P[8] ökat medan G2P[4] och G4P[8] har minskat markant.
Säsongssammanställning typning rotavirus 2015-2016 (PDF, 249 kB)
Under 2016 utfördes även en enkätundersökning för att kartlägga vilken rotavirusdiagnostik som utförs vid de mikrobiologiska laboratorierna i Sverige inför etablerande av ett övervakningssystem vid ett eventuellt införande av rotavaccin i barnvaccinationsprogrammen. Figur 20 visar vilka 16 metoder som används vid de 15 laboratorier som utför rotavirusdiagnostik.
Sammanställning enkät rotavirusdiagnostik 2016 (PDF, 207 kB)
Figur 20. Metoder som används på landets laboratorier för rotavirusanalys (n=16).
Röda hund 2016
Röda hund (rubella) ingår i Folkhälsomyndighetens mikrobiella övervakningsprogram. Ett serumprov insändes för serologisk konfirmering (mässlingvirusspecifikt IgM och IgG) med god överensstämmelse. Resultatet bekräftades av WHO-laboratoriet i Berlin.
Salmonella 2016
Salmonella ingår i Folkhälsomyndighetens mikrobiella övervakningsprogram (inhemskt smittade fall). Epidemiologisk typning utförs också för fall smittade utomlands men då inom ramen för Folkhälsomyndighetens avgiftsbelagda diagnostiska verksamhet. Totalt typades 803 fall; 91 procent av alla fall smittade i Sverige och 13 procent av alla fall smittade i utlandet. Bland fall smittade i Sverige är S. Typhimurium, monofasisk S. Typhimurium och S. Enteritidis de vanligaste serotyperna, men fördelningen mellan dessa typer varierar mellan åren vilket till stor del återspeglar vilka typer som orsakat större utbrott (figur 21). Under 2016 typades 177 fall till monofasisk S. Typhimurium (22 procent), 174 till S. Enteritidis (22 procent) och 136 till S. Typhimurium (17 procent).
Myndigheten var med i ett flertal internationella utredningar initierade av ECDC. Vid detektion av internationella kluster där utbrottssignalen framför allt varit en gemensam MLVA-profil mellan medlemsstaterna görs kompletterande jämförelser med hjälp av helgenomsekvensering. Den efterföljande bioinformatiska analysen kan göras av ECDC alternativt av de deltagande medlemsländer som har kapacitet att göra denna typ av analyser. Den största internationella utbrottsutredningen som Sverige deltagit i under 2016 finns beskrivet i avsnittet om utbrott.
Figur 21. Fördelning av olika typer av salmonellafall i Sverige 2012–2016.
Salmonellainfektion – sjukdomsstatistik
Shigella 2016
Shigella ingick under 2016 i Folkhälsomyndighetens mikrobiella övervakningsprogram (inhemska isolat). De shigellabakterier som isoleras från rapporterade fall artbestäms för det mesta, både från fall som smittats i Sverige och i utlandet. År 2016 utfördes artbestämning på 87 procent av de inhemska fallen med shigellainfektion och de fyra arterna fördelade sig enligt följande: S. sonnei 73 procent, S. flexneri 24 procent, S. boydii 3 procent, S. dysenteriae 0 procent. Av de utlandssmittade fallen artbestämdes 88 procent och även i denna grupp var S. sonnei vanligast (65 procent), därefter kom S. flexneri (31 procent), S. boydii (3 procent) och S. dysenteriae (1 procent). Då problem uppstår att särskilja shigella från EIEC skickas även dessa isolat in för typning. Det är enbart med fenotypiska tester som dessa bakterier går att skilja från varandra, eftersom de bär på samma virulensgener.
Från och med 1 januari-2017 upphörde det löpande övervakningsprogrammet för Shigella. Vid signal på misstänkt nationellt utbrott (fallstatistik) kan Folkhälsomyndigheten besluta om en nationell insamling och typning med helgenomsekvensering. Artbestämning kan som tidigare göras mot avgift.
Shigellainfektion – sjukdomsstatistik
Multiresistent tuberkulos (MDR-TB) ingår i Folkhälsomyndighetens mikrobiella övervakningsprogram. Av MDR-TB, anmäldes under 2016 tjugotvå fall vilket är samma antal som under 2015. Det är en liten ökning i andel MDR-TB av alla odlingsverifierade fall ifrån 3,0 procent till 3,7 procent. Tre av fallen var resistenta mot någon aminoglykosid och även mot kinolon vilket klassar dem som extremt resistenta (XDR-TB) och innebär att de är extra komplicerade att behandla och bota. Alla tre fallen var dock känsliga för amikacin vilket är den aminoglykosid som används mest i Sverige.
Åtta av de 22 fallen var 18 år eller yngre varav en bedöms kunna vara smittad i Sverige av en jämnårig landsman. Fyra av fallen är födda i Sverige och alla är mest troligt smittade i ett annat land. Alla de övriga är också smittade utanför Sverige. Sex av de 22 fallen har behandlats för aktiv TB någon gång tidigare.
Tuberkulos – sjukdomsstatistik
Tyfoidfeber och paratyfoidfeber 2016
Salmonella typhi och paratyphi ingår i Folkhälsomyndighetens mikrobiella övervakningsprogram. Alla fall med paratyfoidfeber 2016 orsakades av S. paratyphi A (n=5). Ingen undertypning utförs för S. typhi då ytterst få fall identifieras per år. Det viktigaste är att mikrobiologiskt kunna särskilja dessa från de salmonellatyper som utgör fallen av salmonellos.
Tyfoidfeber – sjukdomsstatistik
Paratyfoidfeber – sjukdomsstatistik
Vancomycinresistenta Enterococcus faecium och Enterococcus faecalis (VRE) 2016
VRE ingår i Folkhälsomyndighetens mikrobiella övervakningsprogram. Sedan maj 2016 utför Folkhälsomyndigheten epidemiologisk typing av VRE med helgenomssekvensering och SNP-baserad analys (single nucleotide polymorphism). Under 2016 fanns typningsresultat för 152 fall (92 procent) rapporterade i SmiNet. I 147 fall (89 procent) hittades E. faecium och av dessa bar 118 vanA-genen (71,5 procent) och 24 vanB-genen (14,5 procent). Tre av fallen var E. faecalis med vanA-genen (1 procent) och 2 fall bar vanB-genen (2 procent). Totalt 6 fall rapporterades med antingen 2 olika E. faecium stammar (3 fall) eller både E. faecium och E. faecalis (3 fall). Ett fall med E. faecium med vanD-genen rapporterades under 2016.
Vancomycinresistenta enterokocker (VRE) – sjukdomsstatistik
Vibrio 2016
Av det totala antalet fall rapporterades 18 fall med V. alginolyticus, 7 fall med V. parahaemolyticus, 14 fall med icke artbestämd Vibrio, 5 fall med Vibrio cholerae serotyp icke-O1/O139 (det vill säga icke toxinbildande V. cholerae) och ett fall vardera med V. fluvialis, V. vulnificus och V harveyi.
Vibrioinfektioner – sjukdomsstatistik
Yersinia 2016
Till Folkhälsomyndigheten skickas framför allt isolat där det inte varit möjligt att vid lokalt laboratorium bedöma om det är en yersinia som tillhör anmälningsplikten för yersiniainfektion. Ett sådant exempel är Y. enterocolitica biotyp 1A som generellt inte betraktas som humanpatogen, men vissa stammar kan vara sjukdomsframkallande.
Under 2016 anmäldes 7 fall (varav 60 procent smittade i Sverige) av Y. pseudotuberculosis och 192 fall (varav 75 procent smittade i Sverige) av Y. enterocolitica. 31 fall (varav 74 procent smittade i Sverige) sakande information om species. Av Y. enterocoliticafallen utgjordes 98 av serotypen O:3 (varav 64 procent smittade i Sverige). 21 fall (varav 62 procent smittade i Sverige) utgjordes av serotypen O:9.