Ny extraktionsmetod förbättrar utbytet av viralt DNA
För att förbättra utbytet av viralt DNA vid extraktion och därmed öka känsligheten på våra PCR-analyser har vi uppdaterat extraktionsmetoden för våra kvantitativa PCR-analyser.
De analyser som berörs är PCR för BK virus (BKV), JC virus, Epstein Barr virus och herpesvirus 6,7 och 8. Den ökade känsligheten får konsekvenser vid jämförelse av kvantitetsförändring över tid.
Diagnostik vid BKV-associerad sjukdom baseras på jämförelse av viralt DNA över tid
Vid misstanke om BKV-associerad sjukdom i njurar och urinvägar baseras diagnostiken på att virusinfektionens förlopp följs via kvantifiering av mängden BKV DNA i plasma/serum över tid. Den nya extraktionsmetoden som nu införs på Folkhälsomyndigheten ger ökat utbyte av viralt DNA. Som en följd av detta går det inte att korrekt bestämma en eventuell kvantitetsförändring mellan prov extraherat med den "gamla" respektive nya metoden. Eftersom en förändring (ökning/minskning) av mängden BKV DNA i plasma/serum kan ha påverkan på behandlingen kommer nyinkomna prov från patienter som följs över tid analyseras tillsammans med närmast tidigare inkommet prov. Av denna anledning kommer vissa analyssvar utöver kvantitet i aktuellt prov även innehålla en ny kvantitet för tidigare analyserat prov, som då kan skilja sig något från det som rapporterats tidigare.
Plasma rekommenderas som provmaterial vid analys av BKV DNA
Påvisning/kvantifiering av BKV DNA med PCR kan utföras i plasma eller serum. Med det analysprotokoll som används på Folkhälsomyndigheten är plasma att föredra, eftersom analys i plasma uppvisar mindre inhibition. Detta innebär också att jämförelse av mängden BKV DNA i prov tagna över tid bör göras i liknande provmaterial, det vill säga mängden BKV DNA i plasma kan inte jämföras med mängden av BKV DNA i serum.